Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttatgtaatttaaaaatttatcctttaccacccatatacccactctttttttctgacattttggccttatacatccttgcagCCTGTTGGTGCTTTGAATCCTGATCGGCTGACAAAATTCCAAGAGAGATACTCCAGCTTTGATGATCCTATCATTCCCAAGTTCCACTATGGTTCACATT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0048g01650.t01
intron # 22
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0048g01650.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 22
lower sequence: LOC_Os04g46894.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 21
gttatgtaatttaaaaatttatcctttaccacccatatacccactctttttttctgacattttggccttatacatccttgcagCCTGTTGGTGCTTTGAATCCTGATCGGCTGACAAAATTCCAAGAGAGATACTCCAGCTTTGATGATCCTATCATTCCCAAGTTCCACTATGGTTCACATT
      |  | | | | ||  | || ||       | | || | |||    | || ||  ||  |  |  ||  |   |||||||  |||||||  | || ||||| || ||   ||||||||||||| | ||||| |  ||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||
----gttggtctgacagttgtttctatatt-----tttgccta-tctaggatgctaaccgttgtgagtattat-ttgatgcagCCGATTGGTGCACTAAACCCTGAGCGACTAGAAAAATTCCAAGAGCGCTACTCTACGTTTGAGGATCCAATCATCCCAAAGTTCCATTATGGTTCACATT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccacccatatacccactctttttttctgacattttggccttatacatccttgcagCCTGTTGGTGCTTTGAATCCTGATCGGCTGACAAAATTCCAAGAGAGATACTCCAGCTTTGATGATCCTATCATTCCCAAGTTCCACTATGGTTCACATT
                       ttctgac  putative branch site (score: 2)
                                            catcctt  putative PPT
                tcttttttt  TA-rich tract