Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcaattccaatccaagcctaagccagttttggagtattgggtttttggtattaaccccaacttacataaaatatcggttggtttgattttgtagGGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCTTTTTTTCAAAACTTGTAGCTGAATACTGGTCCAGCCGCAGGAGGAACTC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0002g02430.t01
intron # 22
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv09s0002g02430.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 22
lower sequence: GLYMA07G01390.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
gtatgcaattccaatccaagcctaagccagttttggagtattgggtttttggtattaaccccaacttacataaaatatcggttggtttgattttgtagGGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCTTTTTTTCAAAACTTGTAGCTGAATACTGGTCCAGCCGCAGGAGGAACTC
|||||   || || |     |||   ||  ||||    |||     || |  | |  |   ||   |      |   |   ||   ||| |  |  |||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||  || || || || ||||||||||| ||||||||| |||| | ||| ||
gtatgtt-tttcatttttctcct---cc--tttttagatataatacttctattctctaattcactctgtt---acctttttttttcttgttgctaaagGGAAACTTGTGGAATATGATGAGCCTTCAAAGCTAATGGACACCAACTCCTCGTTCTCTAAGCTGGTAGCTGAATATTGGTCCAGCTGCAGAAAGAATTC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110715223|gb|EE093024.1|EE093024
EST:     CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATG                         GGAAGCTTGTGGAGTGTGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCN
genomic: CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATGgtatgcaatt ... gattttgtagGGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCT
EST: gi|110411984|gb|EC977715.1|EC977715
EST:     CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATG                         GGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCN
genomic: CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATGgtatgcaatt ... gattttgtagGGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCT
EST: gi|22011601|gb|BQ796635.1|BQ796635
EST:     CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATG                         GGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCN
genomic: CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATGgtatgcaatt ... gattttgtagGGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCT
EST: gi|30303963|gb|CB980757.1|CB980757
EST:     CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATG                         GGAAGCTTGTGGAGTGTGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCN
genomic: CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATGgtatgcaatt ... gattttgtagGGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCT
EST: gi|22010953|gb|BQ795987.1|BQ795987
EST:     CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATG                         GGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCN
genomic: CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATGgtatgcaatt ... gattttgtagGGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCT
EST: gi|30303898|gb|CB980692.1|CB980692
EST:     CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATG                         GGAAGCTTGTGGAGTGTGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCN
genomic: CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATGgtatgcaatt ... gattttgtagGGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCT
EST: gi|26257978|gb|CA809041.1|CA809041
EST:     CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATG                         GGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCN
genomic: CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATGgtatgcaatt ... gattttgtagGGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCT
EST: gi|110411874|gb|EC977602.1|EC977602
EST:     CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATG                         GGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCN
genomic: CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATGgtatgcaatt ... gattttgtagGGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCT
EST: gi|26257141|gb|CA808204.1|CA808204
EST:     CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATG                         GGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCN
genomic: CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATGgtatgcaatt ... gattttgtagGGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCT
EST: gi|37187581|gb|CF606934.1|CF606934
EST:     CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATG                         GGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCN
genomic: CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATGgtatgcaatt ... gattttgtagGGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCC-
EST: gi|22011602|gb|BQ796636.1|BQ796636
EST:     CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATG                         GGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCN
genomic: CAGAGTTCCCACAGTTATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCTTATGgtatgcaatt ... gattttgtagGGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggtttttggtattaaccccaacttacataaaatatcggttggtttgattttgtagGGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCTTTTTTTCAAAACTTGTAGCTGAATACTGGTCCAGCCGCAGGAGGAACTC
                   aacttacataaaatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgcaattccaatccaagcctaagccagttttggagtattgggtttttggtattaaccccaacttacataaaatatcggttggtttgattttgtagGGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCTTTTTTTCAAAACTTGTAGCTGAATACTGGTCCAGCCGCAGGAGGAACTC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA