Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaatgtctacttttagctttcctctccaaatttacacttgaacaatggtttatattcatgttctgatctaagtttgcattgattctgtaattcttttttcagTTGGAATCAAAATATAAGGAGTTTGAAGGGATATCGAGCTCCCAGAATGTTGAGTTCCCTGCCAAATTGTTGCGGGGTGTTCTTGAT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g04980.t01
intron # 21
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv18s0001g04980.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 21
lower sequence: GLYMA06G11120.1 (Glycine max), 3'ss of exon 20
gtaaatgtctacttttagctttcctctccaaatttacacttgaacaatggtttatattcatgttctgatctaagtttgcattgattctgtaattcttttttcagTTGGAATCAAAATATAAGGAGTTTGAAGGGATATCGAGCTCCCAGAATGTTGAGTTCCCTGCCAAATTGTTGCGGGGTGTTCTTGAT
||||| |  |||  |  ||   | | |      || | || |   |||   ||| |   |       |||| || | |  ||||     ||  |  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| | |||||| |||||||||||||| |||  |||  || |||| 
gtaaagggataccct--gccacctttt------tttctctggtttaatatcttaaaagta-------atctgagctggtgttgaac---tatgtggtttttcagTTGGAATCAAAATATAAGGAGTTTGAGGGGATTTCAAGCTCCCAAATTGTTGATTTCCCTGCCAAATTATTGAAGGGAATTATTGAA

upper sequence: Vv18s0001g04980.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 21
lower sequence: GLYMA04G11550.1 (Glycine max), 3'ss of exon 20
gtaaatgtctacttttagctttcctctccaaatttacacttgaacaatggtttatattcatgttctgatctaagtttgcattgattctgtaattcttttttcagTTGGAATCAAAATATAAGGAGTTTGAAGGGATATCGAGCTCCCAGAATGTTGAGTTCCCTGCCAAATTGTTGCGGGGTGTTCTTGAT
||||| |  |||  |  ||   | | |      || | || |   |||  |||| |   |       |||| || | |  ||||     ||  |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| | |||||| |||||||||||||| |||  |||  ||||||| 
gtaaaggaataccct--gccacctttt------tttctctggtttaatactttaaaagta-------atctgagctggtgttgaac---tatgtggtttttcagTTAGAATCAAAATATAAGGAGTTTGAGGGGATTTCCAGCTCCCAAATTGTTGATTTCCCTGCCAAATTATTGAAGGGAATTCTTGAA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttatattcatgttctgatctaagtttgcattgattctgtaattcttttttcagTTGGAATCAAAATATAAGGAGTTTGAAGGGATATCGAGCTCCCAGAATGTTGAGTTCCCTGCCAAATTGTTGCGGGGTGTTCTTGAT
                                           ttcttttttc  CT-rich tract
                                      tgtaattctttttt  TA-rich tract