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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtttacacttcttaatctattcataggtagcattttctttatgcttccatgcagagtttgtcaatacattgttttatgatcagGCCTGTCCAGTTTATTTGCATCCGCGTCTCTCTGAATTCCTCAATGTTGCAGCCAGACGATTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g00910.t01
intron # 21
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|294964682|gb|GW838485.1|GW838485
EST:     CTTCTGATGTTTGTCAAAGTGCTCTTGCCCTTCTTGGGGACCTTGCAAGA                         GCCTGTCCAGTTTATTTGCATCCGCGTCTCTCTGAATTCCTCAATGTTGCA
genomic: CTTCTGATGTTTGTCAAAGTGCTCTTGCCCTTCTTGGGGACCTTGCAAGAgtgagtttac ... ttatgatcagGCCTGTCCAGTTTATTTGCATCCGCGTCTCTCTGAATTCCTCAATGTTGCA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agcattttctttatgcttccatgcagagtttgtcaatacattgttttatgatcagGCCTGTCCAGTTTATTTGCATCCGCGTCTCTCTGAATTCCTCAATGTTGCAGCCAGACGATTG
                                        ttgtttt  CT-rich tract
                                  aatacattgttttat  TA-rich tract