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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggtatcctgactttataggtacatttgtgtttctaactgggggctcatgtgacttctgtggctcaaaatgccagGGGATTCTGCCTTGGGAGATTCAGTTGTCACTTACGTTATCCACCAATTGTCTCTTGATGCTGTTGAAGCTGCTTCCACCTCCATGTTGTGCAGTGATAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0007g08180.t01
intron # 21
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110366483|gb|EC930391.1|EC930391
EST:     AGGCTCTGTCTCAGACAAGATTAGCATCATTGGAAAGAACTTTCATCCTG                         GGGATTCTGCCTTAGGAGATTCAGTTGTCACTTATGTTATCCACCAATTGT
genomic: AGGCTCTGTCTCAGACAAGATTAGCATCATTGGAAAGAACTTTCATCCTGgttggtatcc ... aaaatgccagGGGATTCTGCCTTGGGAGATTCAGTTGTCACTTACGTTATCCACCAATTGT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tacatttgtgtttctaactgggggctcatgtgacttctgtggctcaaaatgccagGGGATTCTGCCTTGGGAGATTCAGTTGTCACTTACGTTATCCACCAATTGTCTCTTGATGCTGTTGAAGCTGCTTCCACCTCCATGTTGTGCAGTGATAA
           ttctaac  putative branch site (score: 1)
          tttctaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gttggtatcctgactttataggtacatttgtgtttctaactgggggctcatgtgacttctgtggctcaaaatgccagGGGATTCTGCCTTGGGAGATTCAGTTGTCACTTACGTTATCCACCAATTGTCTCTTGATGCTGTTGAAGCTGCTTCCACCTCCATGTTGTGCAGTGATAA

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