Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcagtggccctactctcgacatcttttattgaaagctcatttcagatactataaatttgtgaaattaattttcttcattcattttttttgagaatcttgtgattgtaaaataaattacacagCTAAATATGTGAGCAAAGGTGAGGGTAAGAGCTGGACATATCAAAAGGCAAAATCTATGATCTCAGAATCTGTGGAAATGAGTCAGTCCATAGATTGGAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g01860.t01
intron # 20
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv18s0001g01860.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 20
lower sequence: GLYMA06G12320.1 (Glycine max), 3'ss of exon 18
gtcagtggccctactctcgacatcttttattgaaagctcatttcagatactataaatttgtgaaattaattttcttcattcattttttttgagaatcttgtgat---tgtaaaataaattacacagCTAAATATGTGAGCAAAGGTGAGGGTAAGAGCTGGACATATCAAAAGGCAAAATCTATGATCTCAGAATCTGTGGAAATGAGTCAGTC-CATAGATTGGAA
       | |     |||      | |  |||| |  | |      || || |  |||| | |   |||||     ||| | |||   |||| | | || |  |   || || || ||||   |||||||||||||   |||| |||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||| | ||||  ||  |||| |||||||| |  ||  |||| ||||| 
-------gtctgtgcctctgtggttctagttgagaaatga-----aattctgttcattt-taatcataatta----catgcttttaacttgaaagtgttatattctttgcaacatgaatt---cagCTAAATATGTATCCAAAAGTGAGGGTAAAAGTTGGACATATCAGAAGGCTAAATCTTTTATCTTGGAGGCTGTTGAAATGAGCCTTTCATATAGTTTGGA-


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attttcttcattcattttttttgagaatcttgtgattgtaaaataaattacacagCTAAATATGTGAGCAAAGGTGAGGGTAAGAGCTGGACATATCAAAAGGCAAAATCTATGATCTCAGAATCTGTGGAAATGAGTCAGTCCATAGATTGGAA
 aattaat  putative branch site (score: 3)
                             ttgtgattgtaaaata  TA-rich tract