Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggttccttttatttttttgctgattaattattcttttctttgatctctaccatatcattgtacatatttatagtggtaaaggtgttgcatctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGAGGGCAGGAGACGAATGATGCGATATCTGTAGCTTATGAGGCATTCCTTT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0085g00880.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349827094|gb|FQ421367.1|FQ421367
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|351031176|gb|FQ445003.1|FQ445003
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|351022976|gb|FQ428885.1|FQ428885
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|110720877|gb|EE097183.1|EE097183
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|351026695|gb|FQ436348.1|FQ436348
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|71860234|gb|DT009289.1|DT009289
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|351012435|gb|FQ427036.1|FQ427036
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|161710292|gb|FC059806.1|FC059806
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|351023404|gb|FQ432787.1|FQ432787
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|71858274|gb|DT007329.1|DT007329
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|37185689|gb|CF605042.1|CF605042
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|351012851|gb|FQ430414.1|FQ430414
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|351024564|gb|FQ426373.1|FQ426373
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|349823645|gb|FQ415055.1|FQ415055
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|351014822|gb|FQ438022.1|FQ438022
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|349829516|gb|FQ420048.1|FQ420048
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|351019842|gb|FQ439659.1|FQ439659
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|30300500|gb|CB977294.1|CB977294
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|351014217|gb|FQ434806.1|FQ434806
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|33405914|gb|CF211541.1|CF211541
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|351021635|gb|FQ430522.1|FQ430522
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|33407740|gb|CF213367.1|CF213367
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|71864068|gb|DT013123.1|DT013123
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|110711777|gb|EE088642.1|EE088642
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|71855632|gb|DT004687.1|DT004687
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|110711744|gb|EE088569.1|EE088569
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|71861762|gb|DT010817.1|DT010817
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|294966112|gb|GW837479.1|GW837479
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|110717484|gb|EE093391.1|EE093391
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|351033615|gb|FQ447774.1|FQ447774
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|71856998|gb|DT006053.1|DT006053
EST:     TATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: TATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|110377270|gb|EC942333.1|EC942333
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|110685428|gb|EE062138.1|EE062138
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|351027861|gb|FQ448431.1|FQ448431
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|351014497|gb|FQ437499.1|FQ437499
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|349824141|gb|FQ417528.1|FQ417528
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|351022046|gb|FQ437833.1|FQ437833
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|71860225|gb|DT009280.1|DT009280
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|110703160|gb|EE079765.1|EE079765
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|110711357|gb|EE087747.1|EE087747
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|110711773|gb|EE088638.1|EE088638
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|349832839|gb|FQ422961.1|FQ422961
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|351015664|gb|FQ427149.1|FQ427149
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|349827446|gb|FQ422314.1|FQ422314
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|110700048|gb|EE077644.1|EE077644
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|161710254|gb|FC060645.1|FC060645
EST:     GGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAA-ACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|110713914|gb|EE090252.1|EE090252
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|351012714|gb|FQ430277.1|FQ430277
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|349828464|gb|FQ417206.1|FQ417206
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|110719472|gb|EE094631.1|EE094631
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|351024107|gb|FQ423530.1|FQ423530
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|351021887|gb|FQ437674.1|FQ437674
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|351016508|gb|FQ423935.1|FQ423935
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|110712898|gb|EE088347.1|EE088347
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|349832403|gb|FQ420964.1|FQ420964
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|349831123|gb|FQ420793.1|FQ420793
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|352765001|gb|FQ473649.1|FQ473649
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCTTTGCCTGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|110719810|gb|EE095263.1|EE095263
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|161712950|gb|FC062076.1|FC062076
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
EST: gi|352763959|gb|FQ465409.1|FQ465409
EST:     GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCG                         GTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA
genomic: GCCTTATTGGAGGAAAATGGACTGAAGCTTATGATGGGAAGACCATACCGgtttgactgt ... ctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctaccatatcattgtacatatttatagtggtaaaggtgttgcatctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGAGGGCAGGAGACGAATGATGCGATATCTGTAGCTTATGAGGCATTCCTTT
                                          catctctt  CT-rich tract
      atatcattgtacatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ggttccttttatttttttgctgattaattattcttttctttgatctctaccatatcattgtacatatttatagtggtaaaggtgttgcatctcttggcagGTCCACAACCCTGCTACTGGTGATGTTTTAGTAAATGTTCCATGCATGGGAGGGCAGGAGACGAATGATGCGATATCTGTAGCTTATGAGGCATTCCTTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGAGA
- - - - - - - - -tgctgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggtgttg