Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtttcatatgtttatatactgtctcttgcatatatttattacatatggaatgaattgagtgattctttgctgatttgctatggtggtttacagGGCTGGGTCTTCTTTCTAACCTTGTTAGGGATAACACCATTGGCTGAGCGTTTAGGTTATGCTACAGA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0015g01320.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71863215|gb|DT012270.1|DT012270
EST:     TGCCTTTTGGGCCTCTAGCAGTCTTAGTCCATGGTTTGAGTGACCATAAT                         GGCTGGGTCTTCTTTCTAACCTTGTTAGGGATAACACCATTGGCTGAGCGT
genomic: TGCCTTTTGGGCCTCTAGCAGTCTTAGTCCATGGTTTGAGTGACCATAATgtgagtttca ... tggtttacagGGCTGGGTCTTCTTTCTAACCTTGTTAGGGATAACACCATTGGCTGAGCGT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttacatatggaatgaattgagtgattctttgctgatttgctatggtggtttacagGGCTGGGTCTTCTTTCTAACCTTGTTAGGGATAACACCATTGGCTGAGCGTTTAGGTTATGCTACAGA
                             tgctgat  putative branch site (score: 3)
          aatgaatt  TA-rich tract