1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tcaggttgtccttttgatcatttttgtttcatcataatgcattatttttatgatgtatattacttatcttgttgagatgttaattaaagttcctcaacagCCCATCTTCTTGCTTCCGCTGGAATGGATCATGCCATCTGCATATGGAATGCATGGAGTAGAGATCAGAAGAAAGCACGTGAATTCAGCTATCATAATGC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv19s0014g04680.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ttttatgatgtatattacttatcttgttgagatgttaattaaagttcctcaacagCCCATCTTCTTGCTTCCGCTGGAATGGATCATGCCATCTGCATATGGAATGCATGGAGTAGAGATCAGAAGAAAGCACGTGAATTCAGCTATCATAATGC
tgttaat putative branch site (score: 3)
ttcctc putative PPT
atgtatattacttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcaggttgtccttttgatcatttttgtttcatcataatgcattatttttatgatgtatattacttatcttgttgagatgttaattaaagttcctcaacagCCCATCTTCTTGCTTCCGCTGGAATGGATCATGCCATCTGCATATGGAATGCATGGAGTAGAGATCAGAAGAAAGCACGTGAATTCAGCTATCATAATGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - -ccttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - taatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aattaaa