1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...caggaataactaaagtagatttcaatttttttaggagttcaatttccttatgtagcctgttctatatatatacaatgatctgattttctcttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTTGCATATGTTCTCTCAGGAATGTATGGCAGCGTTAGCCAACTTGGAGTT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv19s0014g01020.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|351055154|gb|FQ440493.1|FQ440493
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|110688222|gb|EE066526.1|EE066526
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAGATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGTGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAGCTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|77582547|gb|DV220253.1|DV220253
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|352794208|gb|FQ479450.1|FQ479450
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAGATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGTGCTCTCTT GAATGGTGCGCAAAAGCTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|161718407|gb|FC066312.1|FC066312
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|71855692|gb|DT004747.1|DT004747
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|351035297|gb|FQ459564.1|FQ459564
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAGATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGTGCTCTCTT GAATGGTGCGCAAAAGCTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|351024773|gb|FQ430598.1|FQ430598
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|110690618|gb|EE067885.1|EE067885
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|351047396|gb|FQ451908.1|FQ451908
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAGATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGTGCTCTCTT GAATGGTGCGCAAAAGCTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|161711947|gb|FC059564.1|FC059564
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACACAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|351027632|gb|FQ446796.1|FQ446796
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|349829390|gb|FQ419922.1|FQ419922
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAGATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGTGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAGCTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|110698206|gb|EE075492.1|EE075492
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|351028323|gb|FQ427219.1|FQ427219
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAGATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGTGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAGCTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|351019056|gb|FQ426555.1|FQ426555
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|351057111|gb|FQ450818.1|FQ450818
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAGATTACTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGTGCTCTCTT GAATGGTGCGCAAAAGCTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|161707716|gb|FC057430.1|FC057430
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|110692118|gb|EE070996.1|EE070996
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|351053628|gb|FQ440137.1|FQ440137
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|351015992|gb|FQ431947.1|FQ431947
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|110687041|gb|EE064103.1|EE064103
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAGATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGTGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAGCTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|351017096|gb|FQ424523.1|FQ424523
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAGATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGTGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAGCTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|110409186|gb|EC974845.1|EC974845
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAGATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGTGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAGCTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|352791461|gb|FQ481040.1|FQ481040
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAGATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGTGCTCTCTT GAATGGTGCGCAAAAGCTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|110365093|gb|EC928838.1|EC928838
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|110698349|gb|EE075761.1|EE075761
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|33403746|gb|CF209373.1|CF209373
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: ATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|351055337|gb|FQ441935.1|FQ441935
genomic: ATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|161720666|gb|FC070610.1|FC070610
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: ATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|351025109|gb|FQ433526.1|FQ433526
genomic: ATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGTTGTTGGTGAAGCTGTEST: gi|37183757|gb|CF603111.1|CF603111
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGNGCATCCTGATAGCTGTTGGEST: gi|161721208|gb|FC070714.1|FC070714
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGG
EST: ACAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTT GAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAACTGTEST: gi|352789802|gb|FQ478617.1|FQ478617
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
EST: TCAAAGATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGTGCTCTCTT GAATGGTGCGCAAAAGCTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
genomic: TCAAAAATTATTGAAGTGGACAACAATGTGCGCGAGGATCGCGCTCTCTTgtaagtatcc ... ttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGT
ccttatgtagcctgttctatatatatacaatgatctgattttctcttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTTGCATATGTTCTCTCAGGAATGTATGGCAGCGTTAGCCAACTTGGAGTT
atctgat putative branch site (score: 4)
tctgattttctcttcc CT-rich tract
ttctatatatatacaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caggaataactaaagtagatttcaatttttttaggagttcaatttccttatgtagcctgttctatatatatacaatgatctgattttctcttcctctcagGAATGGTGCACAAAAACTACTGGGCATCCTGATAGCTGTTGGTGAAGCTGTTGCATATGTTCTCTCAGGAATGTATGGCAGCGTTAGCCAACTTGGAGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- ggaataa
- - - - - -aaagtaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cctgttc