1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ttggtatttaggtggttgatgggagtattatgcttgatttttttgccatatagccaacagtgtcaatgacatgtatgttcttggttatgaatccttctagGCTGATATTGGTAAGCTCGGTGACTCTGATTGCTCACCAACTTTAAGAGCTGCTGATGAAGAGCTGAACTTCGATGATTGCTTAGGTCAGGTGCCAGAGA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv19s0014g00350.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ccatatagccaacagtgtcaatgacatgtatgttcttggttatgaatccttctagGCTGATATTGGTAAGCTCGGTGACTCTGATTGCTCACCAACTTTAAGAGCTGCTGATGAAGAGCTGAACTTCGATGATTGCTTAGGTCAGGTGCCAGAGA
tccttct CT-rich tract
ttatgaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttggtatttaggtggttgatgggagtattatgcttgatttttttgccatatagccaacagtgtcaatgacatgtatgttcttggttatgaatccttctagGCTGATATTGGTAAGCTCGGTGACTCTGATTGCTCACCAACTTTAAGAGCTGCTGATGAAGAGCTGAACTTCGATGATTGCTTAGGTCAGGTGCCAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - -gtggttg
- - - - - - - - - - - - - - - tgcttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gccaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgtat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttcttgg