1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ctgtttcagaagcagcacttaatgtaatttgttcaaagaagtgcaagaatttgatgctaactctccatgtaaaacttgccttgttctatctgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTTCATAACAAACACTACTCTAGGGAAGTGAAGATTTCTGTGGTGGTTGTGG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv18s0122g00090.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTTEST: gi|71890240|gb|DT039295.1|DT039295
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: GATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTTEST: gi|352763513|gb|FQ473216.1|FQ473216
genomic: GATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGATTGGATCCTTEST: gi|18458909|gb|BM437187.1|BM437187
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTTEST: gi|352764235|gb|FQ471215.1|FQ471215
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA ATTTCAAAACTGAACATGATTCCTGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCCTEST: gi|351015703|gb|FQ427188.1|FQ427188
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCC-T
EST: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTTEST: gi|349822122|gb|FQ412386.1|FQ412386
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: TCACAGGGATGAACTTGAGCCCCACGCTAAACTCAATTGGATTCTATCAA ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGAGGGAATGGATCCTTEST: gi|33406641|gb|CF212268.1|CF212268
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTTEST: gi|71885432|gb|DT034487.1|DT034487
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: GATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTTEST: gi|351014386|gb|FQ437388.1|FQ437388
genomic: GATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA ATTTCAAAACTGGGCATGATTCCGGTGGTATGTGTGACGGAATGGATCCTTEST: gi|349829126|gb|FQ419658.1|FQ419658
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTTEST: gi|161711669|gb|FC058263.1|FC058263
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTTEST: gi|349808132|gb|FQ403319.1|FQ403319
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAA ATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTTEST: gi|349826092|gb|FQ415897.1|FQ415897
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTT
EST: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCCATCAA ATTTCAAAACTGAAGCATGAT
genomic: TCACAGGGATGAACTTGAGCCTCATGCTAAACTCAGTTGGATTCTATCAAgtaagaatta ... tgtggtgcagATTTCAAAACTGA-GCATGAT
agaatttgatgctaactctccatgtaaaacttgccttgttctatctgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTTCATAACAAACACTACTCTAGGGAAGTGAAGATTTCTGTGGTGGTTGTGG
tgctaac putative branch site (score: 1)
ttctatct putative PPT
atgtaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctgtttcagaagcagcacttaatgtaatttgttcaaagaagtgcaagaatttgatgctaactctccatgtaaaacttgccttgttctatctgtggtgcagATTTCAAAACTGAGCATGATTCCAGTGGTATGTGTGATGGAATGGATCCTTCATAACAAACACTACTCTAGGGAAGTGAAGATTTCTGTGGTGGTTGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
ctgtttc
- - - - - -gcagcac
- - - - - - - - - - - - - - - - -caaagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcaagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctctcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtaaaac