Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gaatatgcatatgctagacaccaatgtatgtagatatagacagatgcctggttccacctttgattgagttagctttttctcgtgtttggtgctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTGGCTCTCTGGTGTGGACATTAACACACAACAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g10820.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv18s0001g10820.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA15G09410.2 (Glycine max), 3'ss of exon 1
gaatatgcatatgctagacaccaatgtatgtagatatagacagatgcctggttccacctttgattgagttagctttttctcgtgtttggtgc-tgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTGGCTCTCTGGTGTGGACATTAACACACAACAG
         |||  ||   |  | | |  |||  |||    | |    | ||      |||| || | |||| |  ||    |||| | |   || |||||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| |||
--------gtattttatttattatt-tgcgtatttatttttata-attttgtgttggatttggttta-ttagttcattg--atgttggatttgtgttgcagACCAGAGATGGTTGTTGGCTGGTACCATTCGCATCCTGGATTTGGCTGTTGGCTCTCTGGTGTTGACATCAATACACAGCAG

upper sequence: Vv18s0001g10820.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA13G29660.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
-----------------gaatatgcatatgctagacaccaatgtatgtagatatagacag-atgcctggttccacctttgattgagttagct--ttttctcgtgtttggtgc---tgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTGGCTCTCTGGTGTGGACATTAACACACAACAG
                  | |||   |||  |    |  | | | | |   |||    |  ||   |  |      || ||||  ||| | |  ||   |  |||| | | |   || |||||||| || ||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| |||
gtatttttttatattattattattattattattattattattat-tattattattattattattattattattgtgttggatttggtttgttagttcattgatgttggttacttgtgttgcagACCAGAAATGGTTGTTGGTTGGTACCATTCCCATCCTGGATTTGGCTGTTGGCTCTCTGGTGTTGACATCAATACACAGCAG

upper sequence: Vv18s0001g10820.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA17G36230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
-------------------------------------gaatatgcatatgctagacaccaatgtatgtagatatagacagatgcctggttccacctttgat-tgagttagctttttctcgtgtttggtgctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTGGCTCTCTGGTGTGGACATTAACACACAACAG
                                     |||   |  | || | | |     |   ||      |  | | |||  ||| |     |||| | |  | ||| |    |    |  |  ||  | ||||| || |||||||| || || ||||| || || |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| 
ggtacttttttgggtttgttttgttgttttttttagtgaaggagggtttggttgccgttttttgctgcgtg-gtttatacatgtgtgggttgttttttgttgtatgatagttgaaacgttggcgttttgtcgttgcaGGCCGGAGATGGTTGTGGGGTGGTATCACTCGCATCCTGGATTTGGGTGTTGGCTTTCTGGAGTGGACATTAATACACAACA-

upper sequence: Vv18s0001g10820.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA14G08940.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
gaatatgcatatgctagacaccaatgtatgtagatatagacagatgcctggttccacctttgattgagttagctttttctcgt--gtttggtgctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTGGCTCTCTGGTGTGGACATTAACACACAACAG
     |    || | |  || |  | ||| |    ||    | | || |||||     ||   |||  | |   ||    |||  |  |  || || ||||| || |||||||| || || ||||| || || |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| || ||||||
tcccttaaccatccaactcatct-tatatctccg-atttgtacacgcgtggttttgttttgtgttgtctgatggttgaaacgttggcattttgttgttgcagGCCGGAGATGGTTGTGGGGTGGTATCACTCGCATCCTGGATTTGGGTGTTGGCTTTCTGGAGTGGACATTAATACGCAACAG

upper sequence: Vv18s0001g10820.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S46_324V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
--gaatatgcatatgctagacaccaa-tgtatgtagatatagacagatgcctggttccacctttgattgagttagctttttctcgtgtttggtgctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTGGCTCTCTGGTGTGGACATTAACACACAACAG
     |||   |     |  |   || || | || ||| |  ||  ||   |        ||   | | |  | | |   | |  |||||| || | ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||||| |||||| | ||||| ||||| || || || || |||
ctacttatatttgattcatgcgtaaactgaacgt-gatgtgtacgaatatgtctaaaatactagaaatcaccttgatgcctgtgttgtttg-tgtt-ctgcagACCAGAGATGGTGGTGGGCTGGTACCATTCTCATCCAGGTTTTGGTTGCTGGTTGTCTGGCGTGGATATCAATACTCAGCAG

upper sequence: Vv18s0001g10820.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S146_35V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
gaatatgcatatgctagacaccaatgtatgtagatatagacagatgcctggttccacctttgatt---gagttagctttttctcgtgtttggtgctgct--gcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTGGCTCTCTGGTGTGGACATTAACACACAACAG
         |  |||   ||    || || |   ||   ||  ||     |||     || ||||      ||   || |  |    |||  | ||  |  | || ||||||||||| || || ||||| ||||||||||| || |||||||||||| | ||||| ||||| || || || ||||||
-----aaattgagctttccatgtgtgaatatcactaacaactaattaacagttttcatttcgatttccatattgatttataatgacttttctttctattttgtagGCCTGAGATGGTCGTTGGGTGGTATCATTCACATCCAGGGTTTGGCTGCTGGTTGTCTGGCGTGGATATCAATACGCAACAG

upper sequence: Vv18s0001g10820.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: EFJ33925 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
gaatatgcatatgctagacaccaatgtatgtagatatagacagatgc-ctggttccacctttgattgagt-tagctttttctcgtgtttggtgctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTGGCTCTCTGGTGTGGACATTAACACACAACAG
                                            | | || | |  || || |||||      || |||||||   ||   | ||||| |||   ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || || ||||| ||||| || || 
-------------------------------------------gtacgctagctaaactttggattggacaccgcgttttctcagattattttctgctccagGAGTGAAATGGTTGTAGGATGGTACCATTCTCATCCTGGTTTTGGCTGCTGGCTATCCGGAGTAGACATCAACACCCAGCAA

upper sequence: Vv18s0001g10820.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: EFJ16494 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
gaatatgcatatgctagacaccaatgtatgtagatatagacagatgcctggttccacctttgattgagttagctttttctcgtgtttggtgctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTGGCTCTCTGGTGTGGACATTAACACACAACAG
                                            | | |    |    ||   ||   ||      |||  ||||   ||  |  |||||| | || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || || || || || ||||||
-------------------------------------------gttcttatcacatttttcttttctcttgtgggattcaagtgtgaagt-tttttgcagATCGGAAATGGTTGTAGGATGGTATCATTCACATCCTGGATTCGGGTGCTGGCTTTCTGGAGTTGATATCAATACTCAACAG

upper sequence: Vv18s0001g10820.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: EFJ37436 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
gaatatgcatatgctagacaccaatgtatgtagatatagacagatgc-ctggttccacctttgattgagt-tagctttttctcgtgtttggtgctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTGGCTCTCTGGTGTGGACATTAACACACAACAG
                                            | | || | |  || || ||||||      | |||||||   ||   | || || |||   ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || || ||||| ||||| || || 
-------------------------------------------gtacgctagctaaactttggattgaacacctcgttttctcagattattttctactccagGAGTGAAATGGTTGTAGGATGGTACCATTCTCATCCTGGTTTTGGCTGCTGGCTATCCGGAGTAGACATCAACACCCAGCAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161715964|gb|FC067142.1|FC067142
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|349810686|gb|FQ402929.1|FQ402929
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|71875919|gb|DT024974.1|DT024974
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|349824530|gb|FQ413197.1|FQ413197
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|351040437|gb|FQ434570.1|FQ434570
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|110700849|gb|EE077863.1|EE077863
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|110731528|gb|EE106018.1|EE106018
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|26261606|gb|CA812669.1|CA812669
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|110717253|gb|EE092950.1|EE092950
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|161707958|gb|FC057779.1|FC057779
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCT
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCT
EST: gi|351048672|gb|FQ448946.1|FQ448946
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|349823482|gb|FQ414892.1|FQ414892
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|110364691|gb|EC928133.1|EC928133
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|161714686|gb|FC062666.1|FC062666
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAGTATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|349809860|gb|FQ398485.1|FQ398485
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|110397855|gb|EC963800.1|EC963800
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|351044771|gb|FQ449025.1|FQ449025
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|30302146|gb|CB978940.1|CB978940
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|349811487|gb|FQ409483.1|FQ409483
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|46917963|gb|CN547292.1|CN547292
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|351041787|gb|FQ455997.1|FQ455997
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCCCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|351052596|gb|FQ456444.1|FQ456444
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|351036623|gb|FQ457336.1|FQ457336
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|349830677|gb|FQ416975.1|FQ416975
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCCCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|294966821|gb|GW837840.1|GW837840
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|26262771|gb|CA813834.1|CA813834
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|37185413|gb|CF604766.1|CF604766
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
EST: gi|351041956|gb|FQ456166.1|FQ456166
EST:     GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAG                         ACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG
genomic: GATCATGTTTTCCAGACTAATATGCTTGATATGCTCAAACAAACTGGAAGgtattgttgc ... gctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcctggttccacctttgattgagttagctttttctcgtgtttggtgctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTGGCTCTCTGGTGTGGACATTAACACACAACAG
            ctttgat  putative branch site (score: 5)
             tttgatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gaatatgcatatgctagacaccaatgtatgtagatatagacagatgcctggttccacctttgattgagttagctttttctcgtgtttggtgctgctgcagACCTGAGATGGTGGTAGGATGGTACCATTCACATCCTGGATTTGGCTGCTGGCTCTCTGGTGTGGACATTAACACACAACAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - -catatgc
- - - - - - - - -acaccaa
- - - - - - - - - - - - tgtatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -agacaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcctgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccacctt