1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaaagctggtttttgaattaaatctatggtgatttccttcccattacacaaaagcatttaatgatgttggtacccaaaaaactctttctaaagtgtgatgtatacttgtttgcagCCAAGTGAGCACAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTTGAAGAAAGCTTTGGTGCGAAGCAGGAAGACATCATCCTTTATGGTCAGT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv17s0000g09740.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTATGATTATTCTGGCTATGGGCAGTCTTCAGGAAAG CCAAGTGAGCATAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTTEST: gi|110732441|gb|EE107729.1|EE107729
genomic: GTATGATTATTCTGGCTATGGGCAGTCTTCAGGAAAGgtaaagctgg ... ttgtttgcagCCAAGTGAGCACAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTT
EST: GTATGATTATTCTGGCTATGGGCAGTCTTCAGGAAAG CCAAGTGAGCATAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTTEST: gi|110711539|gb|EE088132.1|EE088132
genomic: GTATGATTATTCTGGCTATGGGCAGTCTTCAGGAAAGgtaaagctgg ... ttgtttgcagCCAAGTGAGCACAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTT
EST: GTATGATTATTCTGGCTATGGGCAGTCTTCAGGAAAG CCAAGTGAGCATAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTTEST: gi|71858447|gb|DT007502.1|DT007502
genomic: GTATGATTATTCTGGCTATGGGCAGTCTTCAGGAAAGgtaaagctgg ... ttgtttgcagCCAAGTGAGCACAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTT
EST: GTATGATTATTCTGGCTATGGGCAGTCTTCAGGAAAG CCAAGTGAGCATAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTTEST: gi|110684904|gb|EE062715.1|EE062715
genomic: GTATGATTATTCTGGCTATGGGCAGTCTTCAGGAAAGgtaaagctgg ... ttgtttgcagCCAAGTGAGCACAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTT
EST: GTATGATTATTCTGGCTATGGGCAGTCTTCAGGAAAG CCAAGTGAGCACAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTT
genomic: GTATGATTATTCTGGCTATGGGCAGTCTTCAGGAAAGgtaaagctgg ... ttgtttgcagCCAAGTGAGCACAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTT
atgatgttggtacccaaaaaactctttctaaagtgtgatgtatacttgtttgcagCCAAGTGAGCACAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTTGAAGAAAGCTTTGGTGCGAAGCAGGAAGACATCATCCTTTATGGTCAGT
ttctaaa putative branch site (score: 2)
cttgttt putative PPT
aaaaaact TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaagctggtttttgaattaaatctatggtgatttccttcccattacacaaaagcatttaatgatgttggtacccaaaaaactctttctaaagtgtgatgtatacttgtttgcagCCAAGTGAGCACAATACTTATGCAGATATTGAAGCTGCATATAAATGTCTTGAAGAAAGCTTTGGTGCGAAGCAGGAAGACATCATCCTTTATGGTCAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA