Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...tggcaaaaactaccatatatttgtaataacttcttctactacaataatttaagcataacttttttaaactactgtactattgagaaaagtcccaattaagTGTGCAAACAGTTGATTTGGACAGCAAGCTGCCATGAAAAGAGGAAGAAAAGAGACTTGTGA
Basic information
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.aatttaagcataacttttttaaactactgtactattgagaaaagtcccaattaagTGTGCAAACAGTTGATTTGGACAGCAAGCTGCCATGAAAAGAGGAAGAAAAGAGACTTGTGA
gcataac putative branch site (score: 3)
ataacttttttaaact TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
tggcaaaaactaccatatatttgtaataacttcttctactacaataatttaagcataacttttttaaactactgtactattgagaaaagtcccaattaagTGTGCAAACAGTTGATTTGGACAGCAAGCTGCCATGAAAAGAGGAAGAAAAGAGACTTGTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- gcaaaaa
- - - - -ctaccat
- - - - - - - - - - - - - - -cttcttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttaagca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctactgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gagaaaa