1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...attttctgagcaaccaaacaaagggagtatttaaaataaaggggtcccccctttgttccctccatctattgacctctagtcttgtgattggtattttcagAAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCATGAATGTGCTGGGATCATTGATGAAGTTGGTCCCCAGGTGAAGTCTCTGG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv16s0100g00300.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG AAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCATEST: gi|110723192|gb|EE100222.1|EE100222
genomic: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAGgtaaaaccct ... gtattttcagAAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCAT
EST: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG AAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCATEST: gi|110720879|gb|EE097185.1|EE097185
genomic: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAGgtaaaaccct ... gtattttcagAAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCAT
EST: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG AAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCATEST: gi|161720719|gb|FC070638.1|FC070638
genomic: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAGgtaaaaccct ... gtattttcagAAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCAT
EST: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG AAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCATEST: gi|110718284|gb|EE094941.1|EE094941
genomic: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAGgtaaaaccct ... gtattttcagAAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCAT
EST: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG AAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCATEST: gi|71855314|gb|DT004369.1|DT004369
genomic: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAGgtaaaaccct ... gtattttcagAAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCAT
EST: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG AAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCATEST: gi|161706425|gb|FC056313.1|FC056313
genomic: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAGgtaaaaccct ... gtattttcagAAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCAT
EST: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG AAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCATEST: gi|34548498|gb|CF516730.1|CF516730
genomic: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAGgtaaaaccct ... gtattttcagAAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCAT
EST: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGAACACTACCTCAAG AAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCATEST: gi|27581705|gb|CB004400.1|CB004400
genomic: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAGgtaaaaccct ... gtattttcagAAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCAT
EST: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG AAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCATEST: gi|110713228|gb|EE088964.1|EE088964
genomic: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAGgtaaaaccct ... gtattttcagAAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCAT
EST: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG AAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCATEST: gi|351022073|gb|FQ437860.1|FQ437860
genomic: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAGgtaaaaccct ... gtattttcagAAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCAT
EST: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG AAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCATEST: gi|351028131|gb|FQ426032.1|FQ426032
genomic: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAGgtaaaaccct ... gtattttcagAAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCAT
EST: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG AAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCATEST: gi|27582562|gb|CB005257.1|CB005257
genomic: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAGgtaaaaccct ... gtattttcagAAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCAT
EST: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG AAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCATEST: gi|71858137|gb|DT007192.1|DT007192
genomic: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAGgtaaaaccct ... gtattttcagAAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCAT
EST: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG AAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCATEST: gi|28962065|gb|CB341098.1|CB341098
genomic: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAGgtaaaaccct ... gtattttcagAAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCAT
EST: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG AAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCATEST: gi|351040180|gb|FQ425266.1|FQ425266
genomic: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAGgtaaaaccct ... gtattttcagAAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCAT
EST: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG AAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCATEST: gi|30304263|gb|CB981057.1|CB981057
genomic: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAGgtaaaaccct ... gtattttcagAAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCAT
EST: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG AAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCAT
genomic: TTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAGgtaaaaccct ... gtattttcagAAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCAT
cccccctttgttccctccatctattgacctctagtcttgtgattggtattttcagAAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCATGAATGTGCTGGGATCATTGATGAAGTTGGTCCCCAGGTGAAGTCTCTGG
tattgac putative branch site (score: 2)
tattttc putative PPT
tattttca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attttctgagcaaccaaacaaagggagtatttaaaataaaggggtcccccctttgttccctccatctattgacctctagtcttgtgattggtattttcagAAATTGAGATGTGCAGATTTTATTGTTAAAGAGCCTATGGTGATCGGCCATGAATGTGCTGGGATCATTGATGAAGTTGGTCCCCAGGTGAAGTCTCTGG
- - - - - - - -aaacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - aaaataa