1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaaagggcattatgtttccaagggtgattcttttccagacggtcttttgcttccttcacaaattggaattgattcattttttgttgtggttttttgtttttcaatttttttttttctttagATAGCCAAAAGAGACGTAAAAGAAGCAGCAGCTTAGTCGTGTCAAAGAAGAAGAGGAAGCTGCTGCCCTTCAATCCAACCGAAGACCCTTTGAGGAGAAT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv16s0098g01510.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTCTTTCGGATTCAGAGGTCTACAGAATCAACACAAAAGCTTAATTATG ATAGCCAAAAGAGACGTAAAAGAAGCAGCAGCTTAGTCGTGTCAAAGAAGAEST: gi|37189227|gb|CF608576.1|CF608576
genomic: TTTCTTTCGGATTCAGAGGTCTACAGAATCAACACAAAAGCTTAATTATGgtaaagggca ... ttttctttagATAGCCAAAAGAGACGTAAAAGAAGCAGCAGCTTAGTCGTGTCAAAGAAGA
EST: TTTCTTTCGGATTCAGAGGTCTACAGAATCAACACAAAAGCTTAATTATG ATAGCCAAAAGAGACGTAAAAGAAGCAGCAGCTTAGTCGTGTCAAAGAAGA
genomic: TTTCTTTCGGATTCAGAGGTCTACAGAATCAACACAAAAGCTTAATTATGgtaaagggca ... ttttctttagATAGCCAAAAGAGACGTAAAAGAAGCAGCAGCTTAGTCGTGTCAAAGAAGA
aattgattcattttttgttgtggttttttgtttttcaatttttttttttctttagATAGCCAAAAGAGACGTAAAAGAAGCAGCAGCTTAGTCGTGTCAAAGAAGAAGAGGAAGCTGCTGCCCTTCAATCCAACCGAAGACCCTTTGAGGAGAAT
aattgat putative branch site (score: 4)
ttttttgtttttcaat putative PPT
tggttttttgtttttc TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaagggcattatgtttccaagggtgattcttttccagacggtcttttgcttccttcacaaattggaattgattcattttttgttgtggttttttgtttttcaatttttttttttctttagATAGCCAAAAGAGACGTAAAAGAAGCAGCAGCTTAGTCGTGTCAAAGAAGAAGAGGAAGCTGCTGCCCTTCAATCCAACCGAAGACCCTTTGAGGAGAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA