Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaatcaaatggagctttggcagtctgatttgttgaaatatcaactaagtttctagtggctgtaattaaatgttacttttctttcacatgattgtttgcagGTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTTAGCCTTGATCCTTGTGACCACTAGTTTGTTTTGTTGCTAATCCATATGC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0050g00580.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161713372|gb|FC063371.1|FC063371
EST:     TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAG                         GTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
genomic: TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAGgtaaggaaag ... ttgtttgcagGTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
EST: gi|110697409|gb|EE074374.1|EE074374
EST:     TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAG                         GTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
genomic: TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAGgtaaggaaag ... ttgtttgcagGTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
EST: gi|77578251|gb|DV217901.1|DV217901
EST:     TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAG                         GTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
genomic: TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAGgtaaggaaag ... ttgtttgcagGTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
EST: gi|161711673|gb|FC058267.1|FC058267
EST:     TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAG                         GTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
genomic: TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAGgtaaggaaag ... ttgtttgcagGTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
EST: gi|110708150|gb|EE085359.1|EE085359
EST:     TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAG                         GTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
genomic: TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAGgtaaggaaag ... ttgtttgcagGTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
EST: gi|110701388|gb|EE078904.1|EE078904
EST:     TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAG                         GTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
genomic: TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAGgtaaggaaag ... ttgtttgcagGTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
EST: gi|161710572|gb|FC058142.1|FC058142
EST:     TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAG                         GTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
genomic: TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAGgtaaggaaag ... ttgtttgcagGTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
EST: gi|110698338|gb|EE075737.1|EE075737
EST:     TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAG                         GTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
genomic: TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAGgtaaggaaag ... ttgtttgcagGTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
EST: gi|161714958|gb|FC062712.1|FC062712
EST:     TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAG                         GTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
genomic: TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAGgtaaggaaag ... ttgtttgcagGTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
EST: gi|110709005|gb|EE084087.1|EE084087
EST:     TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAG                         GTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
genomic: TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAGgtaaggaaag ... ttgtttgcagGTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
EST: gi|351012899|gb|FQ430462.1|FQ430462
EST:     TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAG                         GTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
genomic: TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAGgtaaggaaag ... ttgtttgcagGTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
EST: gi|110698212|gb|EE075505.1|EE075505
EST:     TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAG                         GTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
genomic: TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAGgtaaggaaag ... ttgtttgcagGTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
EST: gi|71875014|gb|DT024069.1|DT024069
EST:     TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAG                         GTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT
genomic: TTTCTTTGGCTGAGAGTGGTTTTGTGCTGTGCTTGGGTGGTGGGAAAAAGgtaaggaaag ... ttgtttgcagGTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagtttctagtggctgtaattaaatgttacttttctttcacatgattgtttgcagGTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTTAGCCTTGATCCTTGTGACCACTAGTTTGTTTTGTTGCTAATCCATATGC
                taattaaatgttactt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaatcaaatggagctttggcagtctgatttgttgaaatatcaactaagtttctagtggctgtaattaaatgttacttttctttcacatgattgtttgcagGTTGCATGGATTTCTGGATATAAGTGTTCATGGTAGAAATAATGCAGCTTTAGCCTTGATCCTTGTGACCACTAGTTTGTTTTGTTGCTAATCCATATGC

aaatcaa
- - - - tggagct
- - - - - - - - -ggcagtc
- - - - - - - - - - - - - - - - tgaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caactaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggctgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aattaaa