Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgatcttaatgactttagccattatacctagtagatttcagatggttatgtctaagtttgaaaaaggagaactttacccctgttgatggatcatggcagGTCCTTATCATGGAGGTGTTTGGAGGATTAGAGTTGAGCTTCCAGATGCTTATCCTTACAAATCTCCCTCAATTGGCTTTGTTAATAAGATCTACCACCC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0046g02280.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0046g02280.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os10g31000.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
ttgatcttaatgactttagccattatacctagtagatttcagatggttatgtctaagt---ttgaaaaaggagaactttacccctgttgatggatca-------tggcagGTCCTTATCATGGAGGTGTTTGGAGGATTAGAGTTGAGCTTCCAGATGCTTATCCTTACAAATCTCCCTCAATTGGCTTTGTTAATAAGATCTACCACCC
          ||| ||| |||    |    ||| ||       | ||  ||| | |||   | |  ||  ||  |  |     ||| |||  | |         ||||||||  |||||| || ||||| |||| | ||||||| ||  | || ||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| || || ||
----------tgaattttgcctgcttgttcagttgaccaggagtagtcttgtttcagtgactggggaagagaagatatggagtctgatgaatgtttgcttaatttggcagGTATTTATCAAGGTGGTGTCTGGAAGGTTAGAGTAGAATTGCCTGATGCATATCCTTACAAATCTCCGTCGATTGGTTTCGTTAACAAGATTTATCATCC

upper sequence: Vv15s0046g02280.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G150867_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 1
ttgatcttaatg----actttagccattatacctagtagatttcagatggttatgtctaagtttgaaaaaggagaactttacccctgttgatggatcatggcagGTCCTTATCATGGAGGTGTTTGGAGGATTAGAGTTGAGCTTCCAGATGCTTATCCTTACAAATCTCCCTCAATTGGCTTTGTTAATAAGATCTACCACCC
   |||||||||    |||| |  | | |  | |          ||    ||| |   | |  ||            | |       ||| || ||      |||   |||||| |||||| | |||||| ||||||| || || |||||||| |||||||||||||| || || ||||| ||  | |||||||| || |||||
actatcttaatgttgcacttaaagcttcagtcttgtcctgcactagtgatttagg---agggctggctgcactatcttatggatactttgctgaatt-caatagGCATTTATCAAGGAGGTATATGGAGGGTTAGAGTAGAACTGCCAGATGCGTATCCTTACAAATCCCCATCGATTGGTTTCATCAATAAGATATATCACCC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161706781|gb|FC055498.1|FC055498
EST:     CAATGATGGCATGCAAGAGTTCTATGTGCATTTCCATGGACCCAGTGACA                         GTCCTTATCATGGAGGTGTTTGGAGGATTAGAGTTGAGCTTCCAGATGCTT
genomic: CAATGATGGCATGCAAGAGTTCTATGTGCATTTCCATGGACCCAGTGACAgtaaatcttc ... atcatggcagGTCCTTATCATGGAGGTGTTTGGAGGATTAGAGTTGAGCTTCCAGATGCTT
EST: gi|351029514|gb|FQ436908.1|FQ436908
EST:     CAATGATGGCATGCAAGAGTTCTATGTGCATTTCCATGGACCCAGTGACA                         GTCCTTATCATGGAGGTGTTTGGAGGATTAGAGTTGAGCTTCCAGATGCTT
genomic: CAATGATGGCATGCAAGAGTTCTATGTGCATTTCCATGGACCCAGTGACAgtaaatcttc ... atcatggcagGTCCTTATCATGGAGGTGTTTGGAGGATTAGAGTTGAGCTTCCAGATGCTT
EST: gi|110420607|gb|EC986882.1|EC986882
EST:     CAATGATGGCATGCAAGAGTTCTATGTGCATTTCCATGGACCCAGTGACA                         GTCCTTATCATGGAGGTGTTTGGAGGATTAGAGTTGAGCTTCCAGATGCTT
genomic: CAATGATGGCATGCAAGAGTTCTATGTGCATTTCCATGGACCCAGTGACAgtaaatcttc ... atcatggcagGTCCTTATCATGGAGGTGTTTGGAGGATTAGAGTTGAGCTTCCAGATGCTT
EST: gi|34550367|gb|CF518585.1|CF518585
EST:     CAATGATGGCATGCAAGAGTTCTATGTGCATTTCCATGGACCCAGTGACA                         GTCCTTATCATGGAGGTGTTTGGAGGATTAGAGTTGAGCTTCCAGATGCTT
genomic: CAATGATGGCATGCAAGAGTTCTATGTGCATTTCCATGGACCCAGTGACAgtaaatcttc ... atcatggcagGTCCTTATCATGGAGGTGTTTGGAGGATTAGAGTTGAGCTTCCAGATGCTT
EST: gi|83274683|gb|DV938779.1|DV938779
EST:     CAATGATGGCATGCAAGAGTTCTATGTGCATTTCCATGGACCCAGTGACA                         GTCCTTATCATGGAGGTGTTTGGAGGATTAGAGTTGAGCTTCCAGATGCTT
genomic: CAATGATGGCATGCAAGAGTTCTATGTGCATTTCCATGGACCCAGTGACAgtaaatcttc ... atcatggcagGTCCTTATCATGGAGGTGTTTGGAGGATTAGAGTTGAGCTTCCAGATGCTT
EST: gi|351037950|gb|FQ465188.1|FQ465188
EST:     CAATGATGGCATGCAAGAGTTCTATGTGCATTTCCATGGACCCAGTGACA                         GTCCTTATCATGGAGGTGTTTGGAGGATTAGAGTTGAGCTTCCAGGTGCTT
genomic: CAATGATGGCATGCAAGAGTTCTATGTGCATTTCCATGGACCCAGTGACAgtaaatcttc ... atcatggcagGTCCTTATCATGGAGGTGTTTGGAGGATTAGAGTTGAGCTTCCAGATGCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttatgtctaagtttgaaaaaggagaactttacccctgttgatggatcatggcagGTCCTTATCATGGAGGTGTTTGGAGGATTAGAGTTGAGCTTCCAGATGCTTATCCTTACAAATCTCCCTCAATTGGCTTTGTTAATAAGATCTACCACCC
                                    tgttgat  putative branch site (score: 4)
            tttgaaaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttgatcttaatgactttagccattatacctagtagatttcagatggttatgtctaagtttgaaaaaggagaactttacccctgttgatggatcatggcagGTCCTTATCATGGAGGTGTTTGGAGGATTAGAGTTGAGCTTCCAGATGCTTATCCTTACAAATCTCCCTCAATTGGCTTTGTTAATAAGATCTACCACCC

- - - - - - - -ttagcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cagatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgatgg