Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaattgatttctcaacattacttacaatcctgtggtatatcattgacgttcttcttaagttacttatgcttgtgaatgtaccagTATGAAAAAGTTGAGAAGATTGGTGAAGGAACCTATGGTGTGGTTTATAAGGCTCGTGATCGTGTGACTAATGAGACTATAGCCTTGAAGAAGATCCGCT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0045g00310.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0045g00310.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT3G48750.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gtaaattgatttctcaacattacttacaatcctgtggtatatcattgacgttcttcttaagttacttatgcttgtgaatgtaccagTATGAAAAAGTTGAGAAGATTGGTGAAGGAACCTATGGTGTGGTTTATAAGGCTCGTGATCGTGTGACTAATGAGACTATAGCCTTGAAGAAGATCCGCT
     ||| | |   || | |  || || | ||    ||     ||||||    |||    | |  |   ||| | ||||   ||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||    |||||||||||||| || || |||||||||||| |  
----gttggtgta--aatagttgtttcagttct----tactcttttgacgagagtctctgttaatgtgctcttattaatg---cagTACGAGAAAGTTGAGAAGATTGGTGAAGGAACTTACGGTGTGGTTTATAAGGCACGTGACAAAGTGACTAATGAGACAATTGCTTTGAAGAAGATCAGGC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30128118|gb|CB913457.1|CB913457
EST:     GGTTTAGAACTGCTCATTGAGCAGTGAGCTGTTTGACCCGAATGGACCAG                         TATGAAAAAGTTGACAAGATTGGTGAAGGAACCTATGGTGTGGTTTATAAG
genomic: GGTTTAGAACTGCTCATTGAGCAGTGAGCTGTTTGACCCGAATGGACCAGgtaaattgat ... aatgtaccagTATGAAAAAGTTGAGAAGATTGGTGAAGGAACCTATGGTGTGGTTTATAAG
EST: gi|110732023|gb|EE106947.1|EE106947
EST:     GGTTTAGAACTGCTCATTGAGCAGTGAGCTGTTTGACCCAAATGGACCAG                         TATGAAAAAGTTGAGAAGATTGGTGAAGGAACCTATGGTGTGGTTTATAAG
genomic: GGTTTAGAACTGCTCATTGAGCAGTGAGCTGTTTGACCCGAATGGACCAGgtaaattgat ... aatgtaccagTATGAAAAAGTTGAGAAGATTGGTGAAGGAACCTATGGTGTGGTTTATAAG
EST: gi|71875892|gb|DT024947.1|DT024947
EST:     GGTTTAGAACTGCTCATTGAGCAGTGAGCTGTTTGACCCGAATGGACCAG                         TATGAAAAAGTTGAGAAGATTGGTGAAGGAACCTATGGTGTGGTTTATAAG
genomic: GGTTTAGAACTGCTCATTGAGCAGTGAGCTGTTTGACCCGAATGGACCAGgtaaattgat ... aatgtaccagTATGAAAAAGTTGAGAAGATTGGTGAAGGAACCTATGGTGTGGTTTATAAG
EST: gi|29781538|gb|CB346072.2|CB346072
EST:     GGTTTAGAACTGCTCATTGAGCAGTGAGCTGTTTGACCCGAATGGACCAG                         TATGAAAAAGTTGAGAAGATTGGTGAAGGAACCTATGGTGTGGTTTATAAG
genomic: GGTTTAGAACTGCTCATTGAGCAGTGAGCTGTTTGACCCGAATGGACCAGgtaaattgat ... aatgtaccagTATGAAAAAGTTGAGAAGATTGGTGAAGGAACCTATGGTGTGGTTTATAAG
EST: gi|161706121|gb|FC056257.1|FC056257
EST:     GGTTTAGAACTGCTCATTGAGCAGTGAGCTGTTTGACCCGAATGGACCAG                         TATGAAAAAGTTGAGAAGATTGGTGAAGGAACCTATGGTGTGGTTTATAAG
genomic: GGTTTAGAACTGCTCATTGAGCAGTGAGCTGTTTGACCCGAATGGACCAGgtaaattgat ... aatgtaccagTATGAAAAAGTTGAGAAGATTGGTGAAGGAACCTATGGTGTGGTTTATAAG
EST: gi|110702955|gb|EE079378.1|EE079378
EST:     GGTTTAGAACTGCTCATTGAGCAGTGAGCTGTTTGACCCAAATGGACCAG                         TATGAAAAAGTTGAGAAGATTGGTGAAGGAACCTATGGTGTGGTTTATAAG
genomic: GGTTTAGAACTGCTCATTGAGCAGTGAGCTGTTTGACCCGAATGGACCAGgtaaattgat ... aatgtaccagTATGAAAAAGTTGAGAAGATTGGTGAAGGAACCTATGGTGTGGTTTATAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgtggtatatcattgacgttcttcttaagttacttatgcttgtgaatgtaccagTATGAAAAAGTTGAGAAGATTGGTGAAGGAACCTATGGTGTGGTTTATAAGGCTCGTGATCGTGTGACTAATGAGACTATAGCCTTGAAGAAGATCCGCT
           cattgac  putative branch site (score: 3)
      tatatcatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaattgatttctcaacattacttacaatcctgtggtatatcattgacgttcttcttaagttacttatgcttgtgaatgtaccagTATGAAAAAGTTGAGAAGATTGGTGAAGGAACCTATGGTGTGGTTTATAAGGCTCGTGATCGTGTGACTAATGAGACTATAGCCTTGAAGAAGATCCGCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG