Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agttgaaatgctatttaccaggaacttttaattaaaagtcaggattcctctctttagtgcattgtgtaactatgtgatcaactcttcttggattggatagGCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCAGGATGGTCACTGCAATGGACATGGGCAAAAAAGGAGGTGATATGGAGCA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0083g01160.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv14s0083g01160.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G071970_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
agttgaaatgctatttaccaggaacttttaattaaaagtcaggattcctctctttagtgcattgtgtaactatg-tgatcaactcttcttggattggat-----agGCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCAGGATGGTCACTGCAATGGACATGGGCAAAAAAGGAGGTGATATGGAGCA
    ||||      | ||    |||     |  |  |  ||  |||  | ||   ||     | || |   ||| |     | |   | |  | |   |     ||||||||||||| |||| |||||  || |||| ||| |||||     | || ||||||   ||    ||||||||||||||||||||||| ||||||   |
----gaaacatacatcactgataacaa--gaacatcatccaaaatttatgtcagaagcatgctatgcatacatggttcctgatttcccataaaatacctgctgcagGCTGTTGTCACAATGTTCAATTATCAACAATTTCGGCACATCGGGGCACCTGGATGGCAGCTTGGGTGGACATGGGCAAAAAAGGAGGTTATATGGTCAA

upper sequence: Vv14s0083g01160.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G009154_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
agttgaaatgctatttaccaggaacttttaattaaaagtcaggattcctctctttagtgcattgtg-taactatgtgatcaactcttcttggattggat-----agGCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCAGGATGGTCACTGCAATGGACATGGGCAAAAAAGGAGGTGATATGGAGCA
    ||||      | |||   |||     |  |  |  ||  |||  | ||   ||     | || | ||   ||     | |   | |  | |   |     ||| ||||||||| |||| |||||  || |||| ||| |||||     | || ||||||   ||    ||||||||||||||||||||||| ||||||   |
----gaaacatatatcaccgataacaa--gaacaccatccaaaatttatgtcagaagcatgctatggttacatggttcctgatttcccataaaatacctcctgcagGTTGTTGTCACAATGTTCAATTATCAACAATTTCGGCACATCGGGGCACCTGGATGGCAGCTTGGGTGGACATGGGCAAAAAAGGAGGTTATATGGTCAA

upper sequence: Vv14s0083g01160.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA02G35400.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
---agttgaaatgctatttaccaggaacttttaattaaaagtcaggattcctctctttagtgcattgtgtaactatgtgatcaactcttcttggattggatagGCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCAGGATGGTCACTGCAATGGACATGGGCAAAAAAGGAGGTGATATGGAGCA
     || ||||  || | || |    | |||||    || |  |  |   | | || | | ||||   ||  ||  ||   ||       | || |||| |||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||   |  ||| || ||||||||   ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
gtttatttaaat--tagtaactatagccatttaaaatgaattgcgtttatttgttttcaat-cattagttatttagatgtctaagaaacaattgaatggacagGCTGTTGTTACAATGTACAACTTCCAACAATATCGTCATATCTCAGTGCCTGGGTGGTCACTAGGATGGACATGGGCAAAGAAGGAGGTAATATGGAGCA

upper sequence: Vv14s0083g01160.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA13G06660.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
---agttgaaatgctatttaccaggaacttttaattaaaagtcaggattcctctctttagtgcattgtgtaactatgtgatcaactcttcttggattggatagGCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCAGGATGGTCACTGCAATGGACATGGGCAAAAAAGGAGGTGATATGGAGCA
     || ||||  || |||| |      |||||    || | ||  |   | | || | | ||||   ||  ||  ||   ||       | || |||| |||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||   | |||| || |||||| |   ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
gtttatttaaat--tagttactatagcaatttaaaatgaattgagtttatttgttttcaat-cattagttatttagatgtctaagaaacaattgaatggacagGCTGTTGTTACAATGTACAACTTCCAACAATATCGTCATATCTCAGCGCCTGGGTGGTCATTAGGATGGACATGGGCAAAGAAGGAGGTAATATGGAGCA

upper sequence: Vv14s0083g01160.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA08G27560.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
agttgaaatgctatttaccaggaacttttaa--ttaaaagtcaggattcctct-ctttagtgcattgtgtaactatgtgatcaactcttcttggattggatagGCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCAGGATGGTCACTGCAATGGACATGGGCAAAAAAGGAGGTGATATGGAGCA
   |||| |  | |    |||   || |     || ||||| |   |  ||    |||| | ||||   ||  ||  |    ||       | || |  | |||||||||| || ||| |||| ||||| ||||||||||| ||    || || || |||||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
---tgaatttatttaattcagtggctatagccctttaaagtgactttagcttagttttaatccattagttatttagatatctaagaaacaattgaatatacagGCTGTTGTTACGATGAACAACTTCCAACAATATCGTCATATCGCTTCACCTGGCTGGTCAATGGGATGGACATGGGCAAAAAAGGAGGTAATATGGAGCA

upper sequence: Vv14s0083g01160.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA06G22410.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
----agttgaaatgctatttaccaggaacttttaattaaaagtcaggattcctctctttagtgcattgtgtaactatgtgatcaactcttcttggattggatagGCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCAGGATGGTCACTGCAATGGACATGGGCAAAAAAGGAGGTGATATGGAGCA
      || | || | | |  | | ||| | |    |       | | |   | |||   ||   ||    |  ||| ||| |     | | ||| |||   ||||||||||||| |||||||| || || |||||||| ||||||||  | || ||||||||| |    ||||||||||| |||||||| ||||| |||| ||
ttttcttttagattcaaatgccaatgaaatatattgtggcttctatggtctttttct---gtttcttaaaaacatat-tgaaccgtcttgcatggcttgagcagGCTGTTGTCACAATGTACAACTTTCAACAATATCGCCACATTCAGGCCCCCGGATGGTCATTAGGGTGGACATGGGCTAAAAAGGAAGTGATTTGGAACA

upper sequence: Vv14s0083g01160.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA04G32130.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
----agttgaaatgctatttaccaggaacttttaattaaaagtcaggattcctctctttagtgcattgtgtaactatg-tgatcaactcttcttggattggatagGCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCAGGATGGTCACTGCAATGGACATGGGCAAAAAAGGAGGTGATATGGAGCA
      || | || | | |  | | ||| | |  |||  |  | |   | |     |||  ||  |  |  ||  ||  ||| |     | | ||| |||   |||||||||| || |||||||| || || |||||||| ||||||||  | || ||||||||| |    ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||
atttcttttagattcaaatgtcaatgaaatat--attgtagctta---tacgatcttttcctgtttcttaaaagcataatgaaccttcttgcatggcttgagcagGCTGTTGTGACAATGTACAACTTTCAACAATATCGCCACATTCAGGCCCCCGGATGGTCATTAGGGTGGACATGGGCTAAAAAGGAAGTGATTTGGAGCA

upper sequence: Vv14s0083g01160.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA18G50760.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
agttgaaatgctatttaccaggaacttttaa--ttaaaagtcaggattcctct-ctttagtgcattgtgtaactatgtgatcaactcttcttggattggatagGCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCAGGATGGTCACTGCAATGGACATGGGCAAAAAAGGAGGTGATATGGAGCA
   |||| | || |    | |   || |     || ||||| |   |  ||    ||||   ||||   ||  ||  |    ||       | || || | |||||||||| || ||| |||| ||||| ||||||||||| ||    || || || |||||| ||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| 
--atgaatttctttcattctgtggctatagccctttaaagtgactttagcttagttttatcccattagttatttagatatctaagaaacaattgaatgtacaGGCTGTTGTTACGATGAACAACTTCCAACAATATCGTCATATCGCTTCACCTGGCTGGTCAATGGGATGGACATGGGCGAAAAAGGAGGTAATATGGAGC-

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161720750|gb|FC069969.1|FC069969
EST:     ATATCACGATCAAATGGGATATTATGAGCTGGACTCCAGATGGCTATGTT                         GCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCA
genomic: ATATCACGATCAAATGGGATATTATGAGCTGGACTCCAGATGGCTATGTTgtaagtactt ... gattggatagGCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCA
EST: gi|110684714|gb|EE062309.1|EE062309
EST:     ATATCACGATCAAATGGGATATTATGAGCTGGACTCCAGATGGCTATGTT                         GCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCA
genomic: ATATCACGATCAAATGGGATATTATGAGCTGGACTCCAGATGGCTATGTTgtaagtactt ... gattggatagGCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCA
EST: gi|161718220|gb|FC068914.1|FC068914
EST:     ATATCACGATCAAATGGGATATTATGAGCTGGACTCCAGATGGCTATGTT                         GCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCA
genomic: ATATCACGATCAAATGGGATATTATGAGCTGGACTCCAGATGGCTATGTTgtaagtactt ... gattggatagGCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCA
EST: gi|110371120|gb|EC934895.1|EC934895
EST:     ATATCACGATCAAATGGGATATTATGAGCTGGACTCCAGATGGCTATGTT                         GCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCA
genomic: ATATCACGATCAAATGGGATATTATGAGCTGGACTCCAGATGGCTATGTTgtaagtactt ... gattggatagGCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCA
EST: gi|110699176|gb|EE075944.1|EE075944
EST:     ATATCACGATCAAATGGGATATTATGAGCTGGACTCCAGATGGCTATGTT                         GCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCA
genomic: ATATCACGATCAAATGGGATATTATGAGCTGGACTCCAGATGGCTATGTTgtaagtactt ... gattggatagGCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCA
EST: gi|37189092|gb|CF608441.1|CF608441
EST:     ATATCACGATCAAATGGGATATTATGAGCTGGACTCCAGATGGCTATGTT                         GCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCA
genomic: ATATCACGATCAAATGGGATATTATGAGCTGGACTCCAGATGGCTATGTTgtaagtactt ... gattggatagGCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCA
EST: gi|161709351|gb|FC059680.1|FC059680
EST:     ATATCACGATCAAATGGGATATTATGAGCTGGACTCCAGATGGCTATGTT                         GCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCA
genomic: ATATCACGATCAAATGGGATATTATGAGCTGGACTCCAGATGGCTATGTTgtaagtactt ... gattggatagGCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCA
EST: gi|71859136|gb|DT008191.1|DT008191
EST:     ATATCACGATCAAATGGGATATTATGAGCTGGACTCCAGATGGCTATGTT                         GCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCA
genomic: ATATCACGATCAAATGGGATATTATGAGCTGGACTCCAGATGGCTATGTTgtaagtactt ... gattggatagGCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCA
EST: gi|110724325|gb|EE100052.1|EE100052
EST:     ATATCACGATCAAATGGGATATTATGAGCTGGACTCCAGATGGCTATGTT                         GCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCA
genomic: ATATCACGATCAAATGGGATATTATGAGCTGGACTCCAGATGGCTATGTTgtaagtactt ... gattggatagGCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCA
EST: gi|71857908|gb|DT006963.1|DT006963
EST:     ATATCACGATCAAATGGGATATTATGAGCTGGACTCCAGATGGCTATGTT                         GCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCA
genomic: ATATCACGATCAAATGGGATATTATGAGCTGGACTCCAGATGGCTATGTTgtaagtactt ... gattggatagGCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcctctctttagtgcattgtgtaactatgtgatcaactcttcttggattggatagGCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCAGGATGGTCACTGCAATGGACATGGGCAAAAAAGGAGGTGATATGGAGCA
                  gtgtaac  putative branch site (score: 3)
                     taactat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agttgaaatgctatttaccaggaacttttaattaaaagtcaggattcctctctttagtgcattgtgtaactatgtgatcaactcttcttggattggatagGCTGTTGTCACTATGTACAATTTCCAGCAATATCGTCACATTCAATCGCCAGGATGGTCACTGCAATGGACATGGGCAAAAAAGGAGGTGATATGGAGCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - gaaatgc
- - - - - - - - - - - - - - -aattaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caactct