1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...attttcttggcaaacaaaatgatggttagtataaacaatagaagttatagttctaaattagatagaagattactaaattatctgaatttcctttttgaagCCGAGTGAGCATAACACTTACGCTGACGTAGAAGCTGCATATAGATGCCTGGAGGAGATATATGGTGTGAAGGAGGAAGATGTTATCTTATACGGACAGT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0083g00800.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tatagttctaaattagatagaagattactaaattatctgaatttcctttttgaagCCGAGTGAGCATAACACTTACGCTGACGTAGAAGCTGCATATAGATGCCTGGAGGAGATATATGGTGTGAAGGAGGAAGATGTTATCTTATACGGACAGT
tactaaa putative branch site (score: 1)
tttccttttt putative PPT
taaattagatagaaga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attttcttggcaaacaaaatgatggttagtataaacaatagaagttatagttctaaattagatagaagattactaaattatctgaatttcctttttgaagCCGAGTGAGCATAACACTTACGCTGACGTAGAAGCTGCATATAGATGCCTGGAGGAGATATATGGTGTGAAGGAGGAAGATGTTATCTTATACGGACAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- -ttcttgg
- - - - - -aaacaaa
- - - - - - - - - -tgatggt
- - - - - - - - - - - - - - - - aaacaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atagaaga