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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagttcctctttgtaatagcaatcacttaacataaccatgtgttccaattttttagttgtttatttttttgtaagtataaacatgtataacatgcagTGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAATGTTTTATGGTGCACCAGCAGTCATTACATTCCGCATCCCTACCACGGCT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0068g01370.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30251139|gb|CB968872.1|CB968872
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EST: gi|110407404|gb|EC973004.1|EC973004
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EST: gi|87585747|gb|DY474339.1|DY474339
EST:     TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
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EST: gi|110382813|gb|EC947134.1|EC947134
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EST: gi|110376298|gb|EC941352.1|EC941352
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EST: gi|161708591|gb|FC061300.1|FC061300
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EST: gi|110371863|gb|EC935989.1|EC935989
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EST: gi|110373566|gb|EC937815.1|EC937815
EST:     TTTAATGTTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
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EST: gi|71879754|gb|DT028809.1|DT028809
EST:     TTTAATGTTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
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EST: gi|33405737|gb|CF211364.1|CF211364
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EST: gi|351030153|gb|FQ432091.1|FQ432091
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EST: gi|32245743|gb|CD711562.1|CD711562
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EST: gi|110388232|gb|EC952964.1|EC952964
EST:     TTTAATGTTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
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EST: gi|110687596|gb|EE065188.1|EE065188
EST:     TTTAATGTTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
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EST: gi|32246370|gb|CD712189.1|CD712189
EST:     TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
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EST: gi|110411139|gb|EC976842.1|EC976842
EST:     TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
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EST: gi|110405506|gb|EC971047.1|EC971047
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EST: gi|110380319|gb|EC945574.1|EC945574
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EST: gi|110419233|gb|EC985445.1|EC985445
EST:     TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
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EST: gi|110405188|gb|EC970724.1|EC970724
EST:     TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
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EST: gi|161720207|gb|FC070859.1|FC070859
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EST: gi|30130026|gb|CB915365.1|CB915365
EST:     TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
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EST: gi|349826447|gb|FQ418538.1|FQ418538
EST:     TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
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EST: gi|110363176|gb|EC926748.1|EC926748
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EST: gi|110418411|gb|EC984564.1|EC984564
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EST: gi|37189753|gb|CF609102.1|CF609102
EST:     TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
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EST: gi|351047206|gb|FQ454817.1|FQ454817
EST:     TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
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EST: gi|71859044|gb|DT008099.1|DT008099
EST:     TTTAATGTTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
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EST: gi|110379929|gb|EC945156.1|EC945156
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genomic: TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGCgtgagttcct ... taacatgcagTGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
EST: gi|110687156|gb|EE064330.1|EE064330
EST:     TTTAATGTTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
genomic: TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGCgtgagttcct ... taacatgcagTGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
EST: gi|110415005|gb|EC980873.1|EC980873
EST:     TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
genomic: TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGCgtgagttcct ... taacatgcagTGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
EST: gi|27586271|gb|CB008966.1|CB008966
EST:     TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
genomic: TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGCgtgagttcct ... taacatgcagTGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
EST: gi|110378436|gb|EC943568.1|EC943568
EST:     TTTAATGTTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
genomic: TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGCgtgagttcct ... taacatgcagTGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
EST: gi|110688620|gb|EE067380.1|EE067380
EST:     TTTAATGTTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
genomic: TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGCgtgagttcct ... taacatgcagTGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
EST: gi|33407407|gb|CF213034.1|CF213034
EST:     TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
genomic: TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGCgtgagttcct ... taacatgcagTGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
EST: gi|110695647|gb|EE073904.1|EE073904
EST:     TTTAATGTTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
genomic: TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGCgtgagttcct ... taacatgcagTGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
EST: gi|110390154|gb|EC955048.1|EC955048
EST:     TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGC                         TGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT
genomic: TTTAATATTGTCAGTGGCAACACTTCAACATCATGGGAAAGGCTTGATGCgtgagttcct ... taacatgcagTGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttccaattttttagttgtttatttttttgtaagtataaacatgtataacatgcagTGGTGGTCTTCTATCACATGCTTTTGAATTGGAGTCCAAAGTGGAAGGAATGTTTTATGGTGCACCAGCAGTCATTACATTCCGCATCCCTACCACGGCT
                                          gtataac  putative branch site (score: 3)
     attttttagttgttta  TA-rich tract