1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ctccccatttttaattatgttgaaagctcatttaatttcaaaatttgaaagaatgatgcataaatgaattgataccaacattatcaaactttgcttttagGTCCAAGACATTTGATCAATGATGAAGGGTTCCGGAATGCACTCTACCTATTTGATATCGGGCAAAACGACCTTGCTGATTCATTCTCCAAAAACCTATC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0060g00680.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tgaaagaatgatgcataaatgaattgataccaacattatcaaactttgcttttagGTCCAAGACATTTGATCAATGATGAAGGGTTCCGGAATGCACTCTACCTATTTGATATCGGGCAAAACGACCTTGCTGATTCATTCTCCAAAAACCTATC
aattgat putative branch site (score: 4)
ctttgctttt putative PPT
ataaatgaattgata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctccccatttttaattatgttgaaagctcatttaatttcaaaatttgaaagaatgatgcataaatgaattgataccaacattatcaaactttgcttttagGTCCAAGACATTTGATCAATGATGAAGGGTTCCGGAATGCACTCTACCTATTTGATATCGGGCAAAACGACCTTGCTGATTCATTCTCCAAAAACCTATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
-tccccat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatgcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaatgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ataccaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcaaact