1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...attcctgtttaactcttcactaaaacatcatggatgtatatagaattatgttatgtcaaataagttgagatgtttctcttttacctgttttttggcatagGCATATAAGGATTCACTTGTTGAGGATTTGGCAGAGGATTTTCGTTTGCCTATCAATCATAAGCCAACAGAAAATGTTGATCTAGATAATGTGGAGCAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0060g00320.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ttatgttatgtcaaataagttgagatgtttctcttttacctgttttttggcatagGCATATAAGGATTCACTTGTTGAGGATTTGGCAGAGGATTTTCGTTTGCCTATCAATCATAAGCCAACAGAAAATGTTGATCTAGATAATGTGGAGCAAG
tgtttctcttttacct CT-rich tract
aaataagtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attcctgtttaactcttcactaaaacatcatggatgtatatagaattatgttatgtcaaataagttgagatgtttctcttttacctgttttttggcatagGCATATAAGGATTCACTTGTTGAGGATTTGGCAGAGGATTTTCGTTTGCCTATCAATCATAAGCCAACAGAAAATGTTGATCTAGATAATGTGGAGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
-ttcctgt
- - - - - - ctcttca
- - - - - - - - - -ctaaaac
- - - - - - - - - - - - - - catggat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caaataa