Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...cacagagaaagagaaaatgttgcagaatttgctgctaaaatcattacttcctaatgatgaagcttataaaagggactgcattttggagggaccggaagagAAGAAACTTCTTTGTTTGTAATGGACGTATTTAAAATGTATGAGAAATACTCATAGAAGAACGGTTGGAAGTTTGAAGTGGTAGATATAACTGAATCTAA
Basic information
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.acttcctaatgatgaagcttataaaagggactgcattttggagggaccggaagagAAGAAACTTCTTTGTTTGTAATGGACGTATTTAAAATGTATGAGAAATACTCATAGAAGAACGGTTGGAAGTTTGAAGTGGTAGATATAACTGAATCTAA
tcctaat putative branch site (score: 2)
ttataaaa TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
cacagagaaagagaaaatgttgcagaatttgctgctaaaatcattacttcctaatgatgaagcttataaaagggactgcattttggagggaccggaagagAAGAAACTTCTTTGTTTGTAATGGACGTATTTAAAATGTATGAGAAATACTCATAGAAGAACGGTTGGAAGTTTGAAGTGGTAGATATAACTGAATCTAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- -agagaaa
- - - - - -agaaaat
- - - - - - - - - - tgcagaa
- - - - - - - - - - - - - - -tgctgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaatca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaagct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ataaaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggactgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggaggg