Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtgattttgcatctgttgttttttctttgtttgctaagattcagtggaatttacagttttctgtttatatgctgatgaattttgttgattttttttttaagGTGCTTGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTAATTGATG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0030g01260.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71862308|gb|DT011363.1|DT011363
EST:     GGGAGCCTTGCCCGCTCAGAATCTTGAAGCTA-G                         GTGCTGGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTGATTGATG
genomic: GGGAGCCTTGCCCGCTCAGAATCTTGAAGCTAGGgtttgtgatt ... tttttttaagGTGCTTGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTAATTGATG
EST: gi|71862261|gb|DT011316.1|DT011316
EST:     GGGAGCCTTGCCCGCTCAGAATCTTGGAGCTA-G                         GTGCTGGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTGATTGATG
genomic: GGGAGCCTTGCCCGCTCAGAATCTTGAAGCTAGGgtttgtgatt ... tttttttaagGTGCTTGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTAATTGATG
EST: gi|71861054|gb|DT010109.1|DT010109
EST:     GGGAGCCTTGCCCGCTCAGAATCTTGAAGCTA-G                         GTGCTGGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTGATTGATG
genomic: GGGAGCCTTGCCCGCTCAGAATCTTGAAGCTAGGgtttgtgatt ... tttttttaagGTGCTTGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTAATTGATG
EST: gi|71864831|gb|DT013886.1|DT013886
EST:     GGGAGCCTTGCCCGCTCAGAATCTTGAAGCTA-G                         GTGCTGGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTGATTGATG
genomic: GGGAGCCTTGCCCGCTCAGAATCTTGAAGCTAGGgtttgtgatt ... tttttttaagGTGCTTGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTAATTGATG
EST: gi|71860162|gb|DT009217.1|DT009217
EST:     GGGAGCCTTGCCCGCTCAGAATCTTGAAGCTA-G                         GTGCTGGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTGATTGATG
genomic: GGGAGCCTTGCCCGCTCAGAATCTTGAAGCTAGGgtttgtgatt ... tttttttaagGTGCTTGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTAATTGATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaatttacagttttctgtttatatgctgatgaattttgttgattttttttttaagGTGCTTGTGCTGGGGAGTTGCTTGATTTGTAGTGGTTAATTGATG
                                      ttgatttttttttt  CT-rich tract
 tgatgaattttgttga  TA-rich tract