Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattatggtgttcctttttttttttttttgttttttacatgcaattatcaccttattaaccatatgaaggttttcttcttgttgtttttttttataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGAAAAATGGATAGCCGACTCAGATGTGATTGCTCAGTCCTTGGAAGAAAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0006g00630.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110719968|gb|EE095537.1|EE095537
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|349817724|gb|FQ407713.1|FQ407713
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|33402764|gb|CF208391.1|CF208391
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|26265541|gb|CA816604.1|CA816604
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|351024071|gb|FQ423494.1|FQ423494
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|33404427|gb|CF210054.1|CF210054
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|349826855|gb|FQ418946.1|FQ418946
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|110691855|gb|EE070437.1|EE070437
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|351046545|gb|FQ453161.1|FQ453161
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|294966595|gb|GW837730.1|GW837730
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|77577773|gb|DV217632.1|DV217632
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|26261684|gb|CA812747.1|CA812747
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|26262274|gb|CA813337.1|CA813337
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|37190755|gb|CF610104.1|CF610104
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|26263937|gb|CA815000.1|CA815000
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGACGCTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|349809187|gb|FQ398960.1|FQ398960
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|349827950|gb|FQ422818.1|FQ422818
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA
EST: gi|349814904|gb|FQ410127.1|FQ410127
EST:     CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATG                         GTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAGCTTGATGA
genomic: CATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatgg ... tataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcaccttattaaccatatgaaggttttcttcttgttgtttttttttataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGAAAAATGGATAGCCGACTCAGATGTGATTGCTCAGTCCTTGGAAGAAAAG
      tattaac  putative branch site (score: 1)
                       ttttcttcttgttgtt  putative PPT
                       ttttcttcttgttgtt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaattatggtgttcctttttttttttttttgttttttacatgcaattatcaccttattaaccatatgaaggttttcttcttgttgtttttttttataagctagGTTCTTAAAAATCAGTCCAGGCGGTACAGTTCCTGTTATGAAACTTGATGAAAAATGGATAGCCGACTCAGATGTGATTGCTCAGTCCTTGGAAGAAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA