Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttcatcttttatatttgcagcttgctctacattctaactaatatgtagatcaacaatcagcctgctcttgttaactagttactgtatttgcatttgcagTTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTTCTGCTATTGCAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0106g00790.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71861354|gb|DT010409.1|DT010409
EST:     CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGCTTTGCCTGCCTTG                         TTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
genomic: CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTGgtaacatact ... gcatttgcagTTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
EST: gi|71863501|gb|DT012556.1|DT012556
EST:     CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTG                         TTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
genomic: CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTGgtaacatact ... gcatttgcagTTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
EST: gi|110726861|gb|EE103015.1|EE103015
EST:     CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTG                         TTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
genomic: CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTGgtaacatact ... gcatttgcagTTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
EST: gi|110685079|gb|EE063090.1|EE063090
EST:     CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTG                         TTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
genomic: CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTGgtaacatact ... gcatttgcagTTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
EST: gi|71863568|gb|DT012623.1|DT012623
EST:     CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTG                         TTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
genomic: CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTGgtaacatact ... gcatttgcagTTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
EST: gi|71861132|gb|DT010187.1|DT010187
EST:     CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTG                         TTTTTTCCCTTGCA
genomic: CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTGgtaacatact ... gcatttgcagTTTTTTCCCTTGCA
EST: gi|110730337|gb|EE107301.1|EE107301
EST:     CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTG                         TTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
genomic: CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTGgtaacatact ... gcatttgcagTTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
EST: gi|110698656|gb|EE076402.1|EE076402
EST:     CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTG                         TTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
genomic: CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTGgtaacatact ... gcatttgcagTTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
EST: gi|71860845|gb|DT009900.1|DT009900
EST:     CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTG                         TTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
genomic: CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTGgtaacatact ... gcatttgcagTTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
EST: gi|37189681|gb|CF609030.1|CF609030
EST:     CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTG                         TTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAA
genomic: CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTGgtaacatact ... gcatttgcagTTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAA
EST: gi|71862017|gb|DT011072.1|DT011072
EST:     CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTG                         TTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
genomic: CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTGgtaacatact ... gcatttgcagTTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
EST: gi|110698854|gb|EE076824.1|EE076824
EST:     CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTG                         TTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
genomic: CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTGgtaacatact ... gcatttgcagTTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
EST: gi|71863621|gb|DT012676.1|DT012676
EST:     CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTG                         TTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
genomic: CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTGgtaacatact ... gcatttgcagTTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
EST: gi|71864885|gb|DT013940.1|DT013940
EST:     CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTG                         TTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
genomic: CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTGgtaacatact ... gcatttgcagTTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
EST: gi|71862607|gb|DT011662.1|DT011662
EST:     CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTG                         TTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT
genomic: CCCCACTGCTGCTGGATTGGCTTCCTCAGCAGCTGGTTTTGCCTGCCTTGgtaacatact ... gcatttgcagTTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtagatcaacaatcagcctgctcttgttaactagttactgtatttgcatttgcagTTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTTCTGCTATTGCAAG
                        tgttaac  putative branch site (score: 2)
                       ttgttaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tttcatcttttatatttgcagcttgctctacattctaactaatatgtagatcaacaatcagcctgctcttgttaactagttactgtatttgcatttgcagTTTTTTCCCTTGCAAAGCTAATGAATGTACAAGAAGATCAGGGGAAGCTTTCTGCTATTGCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - gcttgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - aactaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcaacaa