Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatgtttattctgctaggtttaatgttttgactcattttttttcctattttcatgccatctaaagcacccgcttatgtgttcatttgtaatatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTACCTGGAATGTACAGTTTCCATTCTGACTGATTATGAAACTGGGCTCAAC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0101g00100.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv13s0101g00100.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os10g42250.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
-----------------------------------------------------------------------------tatgtttattctgctaggtttaatgttttgactcattttttttcctattttcatgccatctaaagcacccgcttatgtgttcatttgtaatatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTACCTGGAATGTACAGTTTCCATTCTGACTGATTATGAAACTGGGCTCAAC
                                                                              || ||| ||  | |       ||      ||  |  |  | |    |  |  ||  || | ||| ||   |  |    |  ||   || | ||| |||||||  |||||||||| || || |||||||||||| | |||||| |||| ||  |||| |||||||| || || ||||| || ||||||||||  || |||
gtaactactgaataaccactgctgcccatttataagttcttactgaaacatggtctcattgtcaatacaattggaggaattttttttggggtgctacacataacagaacctaggtaatgttgactccttgtgttatatcaag-acagacaaaaagataaat--atactctctcgcagTGCATTGAGGGACCGCCGCTTTCCTCCTATACAGTCGAAAGAACTGCCGTATTTGGAGTGTACAGTATCTATACTGACCGAATATGAAACTGCACTTAAC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34544770|gb|CF513002.1|CF513002
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|110411687|gb|EC977410.1|EC977410
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|110410525|gb|EC976208.1|EC976208
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|349827778|gb|FQ422646.1|FQ422646
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|110401758|gb|EC968377.1|EC968377
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|110422162|gb|EC988477.1|EC988477
EST:     CTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|110384273|gb|EC948699.1|EC948699
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|30305004|gb|CB981798.1|CB981798
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|26258672|gb|CA809735.1|CA809735
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|71863642|gb|DT012697.1|DT012697
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|110379714|gb|EC944932.1|EC944932
EST:     CGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|22011850|gb|BQ796884.1|BQ796884
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|110360228|gb|EC923056.1|EC923056
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTAAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|26267150|gb|CA818213.1|CA818213
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|26257860|gb|CA808923.1|CA808923
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|110373876|gb|EC938294.1|EC938294
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|110390064|gb|EC954950.1|EC954950
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|110362338|gb|EC925866.1|EC925866
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|26258698|gb|CA809761.1|CA809761
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|161713972|gb|FC063157.1|FC063157
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|26265515|gb|CA816578.1|CA816578
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|33408857|gb|CF214484.1|CF214484
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|26257886|gb|CA808949.1|CA808949
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGCCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGCCCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|33410301|gb|CF215928.1|CF215928
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|33410379|gb|CF216006.1|CF216006
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|294966108|gb|GW837475.1|GW837475
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|161707628|gb|FC056896.1|FC056896
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|110369937|gb|EC934110.1|EC934110
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
EST: gi|34549687|gb|CF517919.1|CF517919
EST:     CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAG                         TGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA
genomic: CTTGAAGCTCGTTGCTTGATCAATGGCTTTAAGGACTATGCTTTAACCAGgtattattgc ... tatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattttcatgccatctaaagcacccgcttatgtgttcatttgtaatatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTACCTGGAATGTACAGTTTCCATTCTGACTGATTATGAAACTGGGCTCAAC
            atctaaa  putative branch site (score: 3)
                                  ttcatttgtaatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tatgtttattctgctaggtttaatgttttgactcattttttttcctattttcatgccatctaaagcacccgcttatgtgttcatttgtaatatcttgcagTGCTCTGAGGGACCGTCGATTCCCTCCTATACAGGCTAAAGAATTGCCTTACCTGGAATGTACAGTTTCCATTCTGACTGATTATGAAACTGGGCTCAAC

- - - - ttctgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gccatct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cacccgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgttc