1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gcacatcttgtttccaagaaataggctggatttagcagctgtttaattgggtaaaaaaatctggtatttgtatattttccttaacagttctgcaatgcagAGCTTGATGCTTTGGAAGTGGACATGGGAACAGAGATGGATGCTGATGGGGTGCCCTCTTATCTCCAACCTGACAAGGACCATGATGTGGAAGCTGAACT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv13s0073g00340.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
attgggtaaaaaaatctggtatttgtatattttccttaacagttctgcaatgcagAGCTTGATGCTTTGGAAGTGGACATGGGAACAGAGATGGATGCTGATGGGGTGCCCTCTTATCTCCAACCTGACAAGGACCATGATGTGGAAGCTGAACT
ccttaac putative branch site (score: 3)
taaaaaaatctggtat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcacatcttgtttccaagaaataggctggatttagcagctgtttaattgggtaaaaaaatctggtatttgtatattttccttaacagttctgcaatgcagAGCTTGATGCTTTGGAAGTGGACATGGGAACAGAGATGGATGCTGATGGGGTGCCCTCTTATCTCCAACCTGACAAGGACCATGATGTGGAAGCTGAACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - -ccaagaa
- - - - - - - - - - - aggctgg
- - - - - - - - - - - - - - - - -agcagct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaaa