1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ttcaaggtatgttgctatgaagactgattaatctctcctctttctttttatttttgttttggggttttgattgttggtttttgtgggtttttttggacagTTACTGCTGTGGATTCTGGGAGTAAGGCTCTGGAATTTCTGGGTTTGCAAGAGGAAGAGCAGAGAAATCATCATCCCCAA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv13s0067g03490.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ttttatttttgttttggggttttgattgttggtttttgtgggtttttttggacagTTACTGCTGTGGATTCTGGGAGTAAGGCTCTGGAATTTCTGGGTTTGCAAGAGGAAGAGCAGAGAAATCATCATCCCCAA
ttttgat putative branch site (score: 4)
ttttttt putative PPT
tttttgtttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttcaaggtatgttgctatgaagactgattaatctctcctctttctttttatttttgttttggggttttgattgttggtttttgtgggtttttttggacagTTACTGCTGTGGATTCTGGGAGTAAGGCTCTGGAATTTCTGGGTTTGCAAGAGGAAGAGCAGAGAAATCATCATCCCCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - -ggtatgt
- - - - - - - - -tgaagac
- - - - - - - - - - - - - - - - ctctcct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggggttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgggtt