1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...aaccagtaaatctatgttacatcaattttttcacatgttcccctgccttgcctacaatttatactgatacccttttgtgtgttccttgtatccaaaatagGAACGAACTTAATAAGGATGGAGATACTCGTGTATCCAAGTCATACACAGCTCCTAATCGAAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv13s0067g02310.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGAAGGCAGTGGCCGAGCCTTTGAGTTGTCCTCCTTTGGAAAGGATGAG GAACGAACTTAATAAGGATGGAGATACTCGTGTATCCAAGTCATACACAGC
genomic: GAGAAGGCAGTGGCCGAGCCTTTGAGTTGTCCTCCTTTGGAAAGGATGAGgtacttggta ... tccaaaatagGAACGAACTTAATAAGGATGGAGATACTCGTGTATCCAAGTCATACACAGC
ccttgcctacaatttatactgatacccttttgtgtgttccttgtatccaaaatagGAACGAACTTAATAAGGATGGAGATACTCGTGTATCCAAGTCATACACAGCTCCTAATCGAAAG
tactgat putative branch site (score: 2)
aatttatactgata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaccagtaaatctatgttacatcaattttttcacatgttcccctgccttgcctacaatttatactgatacccttttgtgtgttccttgtatccaaaatagGAACGAACTTAATAAGGATGGAGATACTCGTGTATCCAAGTCATACACAGCTCCTAATCGAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - acatcaa
- - - - - - - - - - - - - - - tcacatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcctaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccctttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttccttg