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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctgaaaatgttttggaaaattgctctccatttttgaccagttgcttattggaaaatggtgttctaatgtgcattttgtaattgatttcgtcttttctcagTTTAATTCCGATGGAGAGCTTGGCCCAGCTGGAGGCCCTGTGCGAGAGGCTCTATAATTCGCAGGACTCAGCGGAACGAGCTCATGCAGAGAACACTCTT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0067g01920.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattggaaaatggtgttctaatgtgcattttgtaattgatttcgtcttttctcagTTTAATTCCGATGGAGAGCTTGGCCCAGCTGGAGGCCCTGTGCGAGAGGCTCTATAATTCGCAGGACTCAGCGGAACGAGCTCATGCAGAGAACACTCTT
                                       tttcgtcttttctc  CT-rich tract
                          attttgtaattgattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctgaaaatgttttggaaaattgctctccatttttgaccagttgcttattggaaaatggtgttctaatgtgcattttgtaattgatttcgtcttttctcagTTTAATTCCGATGGAGAGCTTGGCCCAGCTGGAGGCCCTGTGCGAGAGGCTCTATAATTCGCAGGACTCAGCGGAACGAGCTCATGCAGAGAACACTCTT

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- gaaaatg
- - - - - - -ggaaaat
- - - - - - - - - - - ctctcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -cagttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgcatt