1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gacaaggagatgatgtatcgtcctccaacctactctcccctccccctgctttatagtgataatgacagatgttcatgtgggtactttattttctgtgcagGTATTGTGCTGGACTCTGGTGATGGTGTCAGCCATACAGTCCCAATCTATGAGGGTTATGCCCTCCCACATGCCATCCTTCGTCTTGATCTTGCTGGCCG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv13s0019g01240.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGTTGCCATACAAGCTGTTCTTTCCTTGTATGCAAGTGGTCGCACCACTG GTATTGTGCTGGACTCTGGTGATGGTGTCAGCCATACAGTCCCTATCTATGEST: gi|110699541|gb|EE076631.1|EE076631
genomic: TGTTGCCATACAAGCTGTTCTTTCCTTGTATGCAAGTGGTCGCACCACTGgtaagcattt ... ttctgtgcagGTATTGTGCTGGACTCTGGTGATGGTGTCAGCCATACAGTCCCAATCTATG
EST: TGTTGCCATACAAGCTGTTCTTTCCTTGTATGCAAGTGGTCGCACCACTG GTATTGTGCTGGACTCTGGTGATGGTGTCAGCCATACAGTCCCAATCTATGEST: gi|161715264|gb|FC066449.1|FC066449
genomic: TGTTGCCATACAAGCTGTTCTTTCCTTGTATGCAAGTGGTCGCACCACTGgtaagcattt ... ttctgtgcagGTATTGTGCTGGACTCTGGTGATGGTGTCAGCCATACAGTCCCAATCTATG
EST: TGTTGCCATACAAGCTGTTCTTTCCTTGTATGCAAGTGGTCGCACCACTG GTATTGTGCTGGACTCTGGTGATGGTGTCAGCCATACAGTCCCTATCTATGEST: gi|110709422|gb|EE084868.1|EE084868
genomic: TGTTGCCATACAAGCTGTTCTTTCCTTGTATGCAAGTGGTCGCACCACTGgtaagcattt ... ttctgtgcagGTATTGTGCTGGACTCTGGTGATGGTGTCAGCCATACAGTCCCAATCTATG
EST: TGTTGCCATACAAGCTGTTCTTTCCTTGTATGCAAGTGGTCGCACCACTG GTATTGTGCTGGACTCTGGTGATGGTGTCAGCCATACAGTCCCAATCTATGEST: gi|110698944|gb|EE077018.1|EE077018
genomic: TGTTGCCATACAAGCTGTTCTTTCCTTGTATGCAAGTGGTCGCACCACTGgtaagcattt ... ttctgtgcagGTATTGTGCTGGACTCTGGTGATGGTGTCAGCCATACAGTCCCAATCTATG
EST: TGTTGCCATACAAGCTGTTCTTTCCTTGTATGCAAGTGGTCGCACCACTG GTATTGTGCTGGACTCTGGTGATGGTGTCAGCCATACAGTCCCTATCTATGEST: gi|110389813|gb|EC954682.1|EC954682
genomic: TGTTGCCATACAAGCTGTTCTTTCCTTGTATGCAAGTGGTCGCACCACTGgtaagcattt ... ttctgtgcagGTATTGTGCTGGACTCTGGTGATGGTGTCAGCCATACAGTCCCAATCTATG
EST: TGTTGCCATACAAGCTGTTCTTTCCTTGTATGCAAGTGGTCGCACCACTG GTATTGTGCTGGACTCTGGTGATGGTGTCAGCCATACAGTCCCTATCTATG
genomic: TGTTGCCATACAAGCTGTTCTTTCCTTGTATGCAAGTGGTCGCACCACTGgtaagcattt ... ttctgtgcagGTATTGTGCTGGACTCTGGTGATGGTGTCAGCCATACAGTCCCAATCTATG
ctgctttatagtgataatgacagatgttcatgtgggtactttattttctgtgcagGTATTGTGCTGGACTCTGGTGATGGTGTCAGCCATACAGTCCCAATCTATGAGGGTTATGCCCTCCCACATGCCATCCTTCGTCTTGATCTTGCTGGCCG
ctttattttct CT-rich tract
tactttatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gacaaggagatgatgtatcgtcctccaacctactctcccctccccctgctttatagtgataatgacagatgttcatgtgggtactttattttctgtgcagGTATTGTGCTGGACTCTGGTGATGGTGTCAGCCATACAGTCCCAATCTATGAGGGTTATGCCCTCCCACATGCCATCCTTCGTCTTGATCTTGCTGGCCG
-acaagga
- - - - - - - - - - tcctcca
- - - - - - - - - - - - - - - - ctctccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgtgg