Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...tccctctatattttctgccccatctatgggagatatcaatccctagtatgtgatgatccatttgatgtagtacttaactaggtttggatatgttttccagGGAGTTAGCAAAGGCCTAGCTGCAGAAAAGATCTTCACCACAATGACTGAAAATGGAAAACAAGCTGATTTTTTGCTTTGTATTGGAGATGACAGATCTG
Basic information
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.gtatgtgatgatccatttgatgtagtacttaactaggtttggatatgttttccagGGAGTTAGCAAAGGCCTAGCTGCAGAAAAGATCTTCACCACAATGACTGAAAATGGAAAACAAGCTGATTTTTTGCTTTGTATTGGAGATGACAGATCTG
acttaac putative branch site (score: 3)
tgttttcc putative PPT
atatgtttt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
tccctctatattttctgccccatctatgggagatatcaatccctagtatgtgatgatccatttgatgtagtacttaactaggtttggatatgttttccagGGAGTTAGCAAAGGCCTAGCTGCAGAAAAGATCTTCACCACAATGACTGAAAATGGAAAACAAGCTGATTTTTTGCTTTGTATTGGAGATGACAGATCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
-ccctcta
- - - - - - - - -ccccatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - caatccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggtttgg