Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaactattgggatttgtaaattattgatggtgtggaagtttatgctttatagcagtagtttgattaagtgggtgttatatacttatttcttcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTCTATGTTAGCCCAGAAGCCAAGTTGCTGTTCATTATCAGAATTCGTGG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0052g00290.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71868080|gb|DT017135.1|DT017135
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351043525|gb|FQ430999.1|FQ430999
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGGTTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|71881526|gb|DT030581.1|DT030581
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|110722112|gb|EE098055.1|EE098055
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|349812134|gb|FQ410931.1|FQ410931
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTCC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351012206|gb|FQ426928.1|FQ426928
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351013753|gb|FQ433905.1|FQ433905
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|34542829|gb|CF511061.1|CF511061
EST:     GTTGATTTATGTTCGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAGAAGGAGCTGATTC-ATCGATCGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTT
genomic: GTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGA-AGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTT
EST: gi|110725716|gb|EE102533.1|EE102533
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|110689658|gb|EE066085.1|EE066085
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|110685837|gb|EE062904.1|EE062904
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351014510|gb|FQ437512.1|FQ437512
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|77580651|gb|DV219229.1|DV219229
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|110722869|gb|EE099531.1|EE099531
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|26266801|gb|CA817864.1|CA817864
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|37188941|gb|CF608290.1|CF608290
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|87584219|gb|DY473459.1|DY473459
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|161712382|gb|FC061687.1|FC061687
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|33407532|gb|CF213159.1|CF213159
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|30127744|gb|CB913083.1|CB913083
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|30304879|gb|CB981673.1|CB981673
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTCAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351032161|gb|FQ460418.1|FQ460418
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|71875336|gb|DT024391.1|DT024391
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|34542742|gb|CF510974.1|CF510974
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAGAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|110389408|gb|EC954242.1|EC954242
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|161720606|gb|FC070216.1|FC070216
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|33407447|gb|CF213074.1|CF213074
EST:     GGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: GGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|110700111|gb|EE077779.1|EE077779
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351019405|gb|FQ429540.1|FQ429540
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351015300|gb|FQ445584.1|FQ445584
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351024712|gb|FQ433127.1|FQ433127
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351044035|gb|FQ431466.1|FQ431466
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351030503|gb|FQ436929.1|FQ436929
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|34548001|gb|CF516233.1|CF516233
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351015964|gb|FQ431919.1|FQ431919
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|110699001|gb|EE077139.1|EE077139
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|110702119|gb|EE080467.1|EE080467
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|110709244|gb|EE084536.1|EE084536
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|161719021|gb|FC067641.1|FC067641
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|30304952|gb|CB981746.1|CB981746
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTT
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|30304884|gb|CB981678.1|CB981678
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351016367|gb|FQ446227.1|FQ446227
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|110397494|gb|EC963234.1|EC963234
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|26264883|gb|CA815946.1|CA815946
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|34548504|gb|CF516736.1|CF516736
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351029873|gb|FQ427713.1|FQ427713
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351037576|gb|FQ462559.1|FQ462559
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACTATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATT--ATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351021842|gb|FQ437227.1|FQ437227
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAGGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|77582255|gb|DV220090.1|DV220090
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|26265679|gb|CA816742.1|CA816742
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGATTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|87584426|gb|DY473609.1|DY473609
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351029733|gb|FQ427573.1|FQ427573
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|110700689|gb|EE077563.1|EE077563
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|29784736|gb|CB345836.2|CB345836
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|349826288|gb|FQ416093.1|FQ416093
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351042582|gb|FQ431180.1|FQ431180
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|33407017|gb|CF212644.1|CF212644
EST:     AGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: AGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|110429780|gb|EC996285.1|EC996285
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|110703700|gb|EE080774.1|EE080774
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|161720911|gb|FC070321.1|FC070321
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|110703784|gb|EE080935.1|EE080935
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351028634|gb|FQ446307.1|FQ446307
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAACACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351029952|gb|FQ430694.1|FQ430694
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|26263687|gb|CA814750.1|CA814750
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGATTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|161711628|gb|FC061265.1|FC061265
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|33405893|gb|CF211520.1|CF211520
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351030952|gb|FQ438988.1|FQ438988
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|349824683|gb|FQ413350.1|FQ413350
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351014750|gb|FQ437950.1|FQ437950
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|27584547|gb|CB007242.1|CB007242
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|294966341|gb|GW837592.1|GW837592
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351032451|gb|FQ458816.1|FQ458816
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|110379121|gb|EC944297.1|EC944297
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|71879320|gb|DT028375.1|DT028375
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACAATGAGCAG                         CAAAAGGAACTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
EST: gi|351048122|gb|FQ442092.1|FQ442092
EST:     CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAG                         CAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC
genomic: CGTTGATTTATGTTAGGGCTAAGCAGTATGCCAAGGAATACGATGAGCAGgtaactattg ... tcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttatagcagtagtttgattaagtgggtgttatatacttatttcttcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTCTATGTTAGCCCAGAAGCCAAGTTGCTGTTCATTATCAGAATTCGTGG
            gtttgat  putative branch site (score: 5)
                                    cttatttcttcttgtt  putative PPT
                             ttatatacttatttct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaactattgggatttgtaaattattgatggtgtggaagtttatgctttatagcagtagtttgattaagtgggtgttatatacttatttcttcttgttcagCAAAAGGAGCTGATTCAATTGAAGCGAGAGGCCAAATTGAAGGGTGGTTTCTATGTTAGCCCAGAAGCCAAGTTGCTGTTCATTATCAGAATTCGTGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT