1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gaaaactgctattggataatttgatagtatttaccttgaagtactatattttgtgtgcgcttttcaaagtttcattaattggtttttcatcttggatcagTGTATCGGACCTTTTGGATTATATAACCCCAGATGCAGAGATGAAAGCAAGAGATGCCCAAAAGAAGCAAGCTCGTGCAAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv11s0037g00850.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATGGCACTCCAAAGCCAGATGCCTCTATCTCCAGCAAAGGTCATCTAAG TGTATCGGACCTTTTGGATTATATAACCCCAGATGCAGAGATGAAAGCAAGEST: gi|352773143|gb|FQ470758.1|FQ470758
genomic: AATGGCACTCCAAAGCCAGATGCCTCTATCTCCAGCAAAGGTCATCTAAGgtaataatta ... cttggatcagTGTATCGGACCTTTTGGATTATATAACCCCAGATGCAGAGATGAAAGCAAG
EST: AATGGCACTCCAAAGCCAGATGCCTCTATCTCCAGCAAAGGTCATCTAAG TGTATCGGACCTTTTGGATTATATAACCCCAGATGCAGAGATGAAAGCAAG
genomic: AATGGCACTCCAAAGCCAGATGCCTCTATCTCCAGCAAAGGTCATCTAAGgtaataatta ... cttggatcagTGTATCGGACCTTTTGGATTATATAACCCCAGATGCAGAGATGAAAGCAAG
atattttgtgtgcgcttttcaaagtttcattaattggtttttcatcttggatcagTGTATCGGACCTTTTGGATTATATAACCCCAGATGCAGAGATGAAAGCAAGAGATGCCCAAAAGAAGCAAGCTCGTGCAAAG
cattaat putative branch site (score: 3)
tttttcatctt putative PPT
aaagtttcattaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gaaaactgctattggataatttgatagtatttaccttgaagtactatattttgtgtgcgcttttcaaagtttcattaattggtttttcatcttggatcagTGTATCGGACCTTTTGGATTATATAACCCCAGATGCAGAGATGAAAGCAAGAGATGCCCAAAAGAAGCAAGCTCGTGCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - -ctgctat
- - - - - - - - - - - - - - - -taccttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgtgtg