Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtcacatggactacattattccgtatttaatttgattgttttttttttttttttttcataatttaatttccttttccctttacagCTTTGATATTGTGCGCGATTCCTTGGGACTGGTGCGCTCTGAATTTCCCCACACTGCTTATTTTGTCGCAGGCACTCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0016g02270.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351027106|gb|FQ439967.1|FQ439967
EST:     TCTGCCTACAATTCTCTTCACGCCTTTCATGTTGGATGGCCTTGTTTGAG                         CTTTGATATTGTGCGCGATTCCTTGGGACTGGTGCGCTCTGAATTTCCCCA
genomic: TCTGCCTACAATTCTCTTCACGCCTTTCATGTTGGATGGCCTTGTTTGAGgtgtcacatg ... ccctttacagCTTTGATATTGTGCGCGATTCCTTGGGACTGGTGCGCTCTGAATTTCCCCA
EST: gi|351017861|gb|FQ436214.1|FQ436214
EST:     TCTGCCTACAATTCTCTTCACGCCTTTCATGTTGGATGGCCTTGTTTGAG                         CTTTGATATTGTGCGCGATTCCTTGGGACTGGTGCGCTCTGAATTTCCCCA
genomic: TCTGCCTACAATTCTCTTCACGCCTTTCATGTTGGATGGCCTTGTTTGAGgtgtcacatg ... ccctttacagCTTTGATATTGTGCGCGATTCCTTGGGACTGGTGCGCTCTGAATTTCCCCA
EST: gi|351012692|gb|FQ430255.1|FQ430255
EST:     TCTGCCTACAATTCTCTTCACGCCTTTCATGTTGGATGGCCTTGTTTGAG                         CTTTGATATTGTGCGCGATTCCTTGGGACTGGTGCGCTCTGAATTTCCCCA
genomic: TCTGCCTACAATTCTCTTCACGCCTTTCATGTTGGATGGCCTTGTTTGAGgtgtcacatg ... ccctttacagCTTTGATATTGTGCGCGATTCCTTGGGACTGGTGCGCTCTGAATTTCCCCA
EST: gi|349828396|gb|FQ417138.1|FQ417138
EST:     TCTGCCTACAATTCTCTTCACGCCTTTCATGTTGGATGGCCTTGTTTGAG                         CTTTGATATTGTGCGCGATTCCTTGGGACTGGTGCGCTCTGAATTTCCCCA
genomic: TCTGCCTACAATTCTCTTCACGCCTTTCATGTTGGATGGCCTTGTTTGAGgtgtcacatg ... ccctttacagCTTTGATATTGTGCGCGATTCCTTGGGACTGGTGCGCTCTGAATTTCCCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgattgttttttttttttttttttcataatttaatttccttttccctttacagCTTTGATATTGTGCGCGATTCCTTGGGACTGGTGCGCTCTGAATTTCCCCACACTGCTTATTTTGTCGCAGGCACTCAG
                              atttaat  putative branch site (score: 4)
        tttttttttttttttt  CT-rich tract
     ttgttttttttttttt  TA-rich tract