1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtatgctaatttcctataatattcttccattttttatgcatatagattatagtcacatcttaattatgtgatttgtcagGTGGTCTGTGAATGAAGAATGGGAAATCTGTGGTCAGAGTAATGATTTTGGGTGGATACAGATGGCTGAGCCTGTAATGAAATTGTACACAGAAGCTACT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv10s0003g01680.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTCCTTGCAACAGGCTTGGAATTGCAGCAGAACATGGATACTTCTTAAG GTGGTCTGTGAATGAAGAATGGGAAATCTGTGGTCAGAGTAATGATTTTGGEST: gi|71863376|gb|DT012431.1|DT012431
genomic: TCTCCTTGCAACAGGCTTGGAATTGCAGCAGAACATGGATACTTCTTAAGgtatgctaat ... gatttgtcagGTGGTCTGTGAATGAAGAATGGGAAATCTGTGGTCAGAGTAATGATTTTGG
EST: TCTCCCTGCAACAGGCTTGGAATTGCAGCAGAACATGGATACTTCTTAAG GTGGTCTGTGAATGAAGAATGGGAAATCTGTGGTCAGAGTAATGATTTTGGEST: gi|71861489|gb|DT010544.1|DT010544
genomic: TCTCCTTGCAACAGGCTTGGAATTGCAGCAGAACATGGATACTTCTTAAGgtatgctaat ... gatttgtcagGTGGTCTGTGAATGAAGAATGGGAAATCTGTGGTCAGAGTAATGATTTTGG
EST: TCTCCTTGCAACAGGCTTGGAATTGCAGCAGAACATGGATACTTCTTAAG GTGGTCTGTGAATGAAGAATGGGAAATCTGTGGTCAGAGTAATGATTTTGGEST: gi|110418120|gb|EC984239.1|EC984239
genomic: TCTCCTTGCAACAGGCTTGGAATTGCAGCAGAACATGGATACTTCTTAAGgtatgctaat ... gatttgtcagGTGGTCTGTGAATGAAGAATGGGAAATCTGTGGTCAGAGTAATGATTTTGG
EST: GCAGAACATGGATACTTCTTAAG GTGGTCTGTGAATGAAGAATGGGAAATCTGTGGTCAGAGTAATGATTTTGGEST: gi|30296751|gb|CB973545.1|CB973545
genomic: GCAGAACATGGATACTTCTTAAGgtatgctaat ... gatttgtcagGTGGTCTGTGAATGAAGAATGGGAAATCTGTGGTCAGAGTAATGATTTTGG
EST: TCTCCTTGCAACAGGCTTGGAATTGCAGCAGAACATGGATACTTCTTAAG GTGGTCTGTGAATGAAGAATGGGAAATCTGTGGCCAGAGTAATGATTTTGG
genomic: TCTCCTTGCAACAGGCTTGGAATTGCAGCAGAACATGGATACTTCTTAAGgtatgctaat ... gatttgtcagGTGGTCTGTGAATGAAGAATGGGAAATCTGTGGTCAGAGTAATGATTTTGG
ttccattttttatgcatatagattatagtcacatcttaattatgtgatttgtcagGTGGTCTGTGAATGAAGAATGGGAAATCTGTGGTCAGAGTAATGATTTTGGGTGGATACAGATGGCTGAGCCTGTAATGAAATTGTACACAGAAGCTACT
tcttaat putative branch site (score: 3)
ttttttatgcatatag TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgctaatttcctataatattcttccattttttatgcatatagattatagtcacatcttaattatgtgatttgtcagGTGGTCTGTGAATGAAGAATGGGAAATCTGTGGTCAGAGTAATGATTTTGGGTGGATACAGATGGCTGAGCCTGTAATGAAATTGTACACAGAAGCTACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC