1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...agaatttttattagtgcaggaatttgacatggattcaccattttgatccgaggttataaagtgaaactgactaattttccagagttttccctggttgcagGTGTGGAGGCTGCTGGAGTGGTAACAGCTGTTGGCCCTGGTATAACTGGCTGGAAAGTTGGAGATGTTGTTGCTTATGCTGGTGGCTCAATGGGCTCGTA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv09s0002g08470.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTACATCCGCAAAGGAGTTTATAAGATTGCTACAATGCCATTCACCCCAG GTGTGGAGGCTGCTGGAGTGGTGACAGCTGTTGGCCCTGGTATAACTGGCT
genomic: CTACATCCGCAAAGGAGTTTATAAGATTGCTACAATGCCATTCACCCCAGgtttgtgtta ... ctggttgcagGTGTGGAGGCTGCTGGAGTGGTAACAGCTGTTGGCCCTGGTATAACTGGCT
atccgaggttataaagtgaaactgactaattttccagagttttccctggttgcagGTGTGGAGGCTGCTGGAGTGGTAACAGCTGTTGGCCCTGGTATAACTGGCTGGAAAGTTGGAGATGTTGTTGCTTATGCTGGTGGCTCAATGGGCTCGTA
gactaat putative branch site (score: 2)
ttttccct putative PPT
ttataaagt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agaatttttattagtgcaggaatttgacatggattcaccattttgatccgaggttataaagtgaaactgactaattttccagagttttccctggttgcagGTGTGGAGGCTGCTGGAGTGGTAACAGCTGTTGGCCCTGGTATAACTGGCTGGAAAGTTGGAGATGTTGTTGCTTATGCTGGTGGCTCAATGGGCTCGTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - -gcaggaa
- - - - - - - - - - - - - -catggat
- - - - - - - - - - - - - - - - - -caccatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaactga