Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgtctggttgtgtgcaatggtttttattggtgtttttctctatattgttatcaagttttgtctacttcaaattattttagttagtgatagcaggccctgttgttttatgtaatacataaacatggatgttgattttaatgactgtgtgatgatttaattgatccagGCTCTCAGCTGATGGAGAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTTTATGACACTTTTGATTCTATGGGATTAGTAGAGAACCTTTTGAGGGGTATCTAT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0002g01760.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71858936|gb|DT007991.1|DT007991
EST:     GAAGGTTCACAATTCGATGCTCGTCAATTTGATTCCAAAATGAATGACTT                         GCTCTCAGCTGATGGAGAAGATTTCTTCACCTCATATGATGAGGTTTATGA
genomic: GAAGGTTCACAATTCGATGCTCGTCAATTTGATTCCAAAATGAATGACTTgtaagtgtct ... attgatccagGCTCTCAGCTGATGGAGAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTTTATGA
EST: gi|71885497|gb|DT034552.1|DT034552
EST:     GAAGGTTCACAATTCGATGCTCGTCAATTTGATTCCAAAATGAATGACTT                         GCTCTCAGCTGATGGAGAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTTTATGA
genomic: GAAGGTTCACAATTCGATGCTCGTCAATTTGATTCCAAAATGAATGACTTgtaagtgtct ... attgatccagGCTCTCAGCTGATGGAGAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTTTATGA
EST: gi|110699556|gb|EE076660.1|EE076660
EST:     GAAGGTTCACAATTCGATGCTCGTCAATTTGATTCCAAAATGAATGACTT                         GCTCTCAGCTGATGGAGAAGATTTCTTCACCTCATATGATGAGGTTTATGA
genomic: GAAGGTTCACAATTCGATGCTCGTCAATTTGATTCCAAAATGAATGACTTgtaagtgtct ... attgatccagGCTCTCAGCTGATGGAGAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTTTATGA
EST: gi|110686043|gb|EE063292.1|EE063292
EST:     GAAGGTTCACAATTCGATGCTCGTCAATTTGATTCCAAAATGAATGACTT                         GCTCTCAGCTGATGGAGAAGATTTCTTCACCTCATATGATGAGGTTTATGA
genomic: GAAGGTTCACAATTCGATGCTCGTCAATTTGATTCCAAAATGAATGACTTgtaagtgtct ... attgatccagGCTCTCAGCTGATGGAGAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTTTATGA
EST: gi|32271073|gb|CD720232.1|CD720232
EST:     GAAGGTTCACAATTCGATGCTCGTCAATTTGATTCCAAAATGAATGACTT                         GCTCTCAGCTGATGGAGAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTTTATGA
genomic: GAAGGTTCACAATTCGATGCTCGTCAATTTGATTCCAAAATGAATGACTTgtaagtgtct ... attgatccagGCTCTCAGCTGATGGAGAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTTTATGA
EST: gi|71889743|gb|DT038798.1|DT038798
EST:     GAAGGTTCACAATTCGATGCTCGTCAATTTGATTCCAAAATGAATGACTT                         GCTCTCAGCTGATGGAGAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTTTATGA
genomic: GAAGGTTCACAATTCGATGCTCGTCAATTTGATTCCAAAATGAATGACTTgtaagtgtct ... attgatccagGCTCTCAGCTGATGGAGAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTTTATGA
EST: gi|71882096|gb|DT031151.1|DT031151
EST:     GAAGGTTCACAATTCGATGCTCGTCAATTTGATTCCAAAATGAATGACTT                         GCTCTCAGCTGATGGAGAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTTTATGA
genomic: GAAGGTTCACAATTCGATGCTCGTCAATTTGATTCCAAAATGAATGACTTgtaagtgtct ... attgatccagGCTCTCAGCTGATGGAGAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTTTATGA
EST: gi|294965317|gb|GW839004.1|GW839004
EST:     GAAGGTTCACAATTCGATGCTCGTCAATTTGATTCCAAAATGAATGACTT                         GCTCTCAGCTGATGGAGAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTTTATGA
genomic: GAAGGTTCACAATTCGATGCTCGTCAATTTGATTCCAAAATGAATGACTTgtaagtgtct ... attgatccagGCTCTCAGCTGATGGAGAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTTTATGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atacataaacatggatgttgattttaatgactgtgtgatgatttaattgatccagGCTCTCAGCTGATGGAGAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTTTATGACACTTTTGATTCTATGGGATTAGTAGAGAACCTTTTGAGGGGTATCTAT
              atgttgattttaat  TA-rich tract