1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tctggatggtggtgatttgcataggttaaaggtcatgtgatgaattaccttaaaagttaataaaggactaagatatttgtcaatctatggtaactctcagGGATGTCGTCAGCGTCTTTGGAGATCATGGATGCTGGAAATGGACTAAGTG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv09s0002g00680.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
taccttaaaagttaataaaggactaagatatttgtcaatctatggtaactctcagGGATGTCGTCAGCGTCTTTGGAGATCATGGATGCTGGAAATGGACTAAGTG
tggtaac putative branch site (score: 2)
ctctc CT-rich tract
taaaagttaataaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tctggatggtggtgatttgcataggttaaaggtcatgtgatgaattaccttaaaagttaataaaggactaagatatttgtcaatctatggtaactctcagGGATGTCGTCAGCGTCTTTGGAGATCATGGATGCTGGAAATGGACTAAGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - -ggtggtg
- - - - - - - - -tgcatag
- - - - - - - - - - - - - - - - -catgtga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aataaag