Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtggtgatcctctcctctcctcatttctggcttgaaatagtgatattgatagacactgaattgtgggtgatctgtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTCTCACAAGGCAGTGAAAGAATACCAGGAGGCTAAGGCG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0056g01570.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71863543|gb|DT012598.1|DT012598
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|161708807|gb|FC060892.1|FC060892
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|71863484|gb|DT012539.1|DT012539
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|33407379|gb|CF213006.1|CF213006
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|71862555|gb|DT011610.1|DT011610
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|352768554|gb|FQ467510.1|FQ467510
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|71863867|gb|DT012922.1|DT012922
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|352773395|gb|FQ472177.1|FQ472177
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|37184183|gb|CF603537.1|CF603537
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|33408747|gb|CF214374.1|CF214374
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|71858630|gb|DT007685.1|DT007685
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACTCAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|110719521|gb|EE094722.1|EE094722
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|71861010|gb|DT010065.1|DT010065
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|37190486|gb|CF609835.1|CF609835
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|352794891|gb|FQ477001.1|FQ477001
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|33410520|gb|CF216147.1|CF216147
EST:     AATGCCTCCGCTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|33410263|gb|CF215890.1|CF215890
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|110723015|gb|EE099845.1|EE099845
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|110702737|gb|EE078971.1|EE078971
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAAGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|161714928|gb|FC062706.1|FC062706
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|161716722|gb|FC069156.1|FC069156
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|161715510|gb|FC069060.1|FC069060
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|71861007|gb|DT010062.1|DT010062
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|110687789|gb|EE065597.1|EE065597
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|33406771|gb|CF212398.1|CF212398
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|156735832|gb|EV239953.1|EV239953
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|110688260|gb|EE066612.1|EE066612
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|71858737|gb|DT007792.1|DT007792
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|71860329|gb|DT009384.1|DT009384
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|161708008|gb|FC056988.1|FC056988
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCT
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCT
EST: gi|71855557|gb|DT004612.1|DT004612
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|71863574|gb|DT012629.1|DT012629
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
EST: gi|33409880|gb|CF215507.1|CF215507
EST:     AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTA                         CCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC
genomic: AATGCCTCCGTTCCCGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACAAACTAgtaagtggtg ... gtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggcttgaaatagtgatattgatagacactgaattgtgggtgatctgtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTCTCACAAGGCAGTGAAAGAATACCAGGAGGCTAAGGCG
               tattgat  putative branch site (score: 3)
              atattgata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtggtgatcctctcctctcctcatttctggcttgaaatagtgatattgatagacactgaattgtgggtgatctgtggatccagCCATTACATTGTCCCTGAGTTGGGTCCGGAGGTGAAGTTTAGCTATGCCTCTCACAAGGCAGTGAAAGAATACCAGGAGGCTAAGGCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA