1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tggctaattgtgaaactattctattttatcatatttatttggtatcttaaagtctatctttttttttttatctgattttggttctctaaatatattttagTGTCCAAGTGGCCACACCTTATGTTCAAACTGCAAGAGTAGAGTGCACAACTGTTGCCCAACTTGCCGCCATGAGCTTGGAGATATAAGGTGTTTGGCTT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0007g06740.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TACTTGAATGTCCTGTATGCACAAGTTTAATGTGCCCTCCGATCTACCAG TGTCCAAGTGGCCACACCTTATGTTCAAACTGCAAGAGTAGAGTGCACAACEST: gi|29785175|gb|CB341931.2|CB341931
genomic: TACTTGAATGTCCTGTATGCACAAGTTTAATGTACCCTCCGATCTACCAGgtttgttgtc ... tatattttagTGTCCAAGTGGCCACACCTTATGTTCAAACTGCAAGAGTAGAGTGCACAAC
EST: TACTTGAATGTCCTGTGTGCACAAGTTTAATGTACCCTCCGATCTACCAG TGTCCAAGTGGCCACACCTTATGTTCAAACTGCAAGAGTAGAGTGCACAAC
genomic: TACTTGAATGTCCTGTATGCACAAGTTTAATGTACCCTCCGATCTACCAGgtttgttgtc ... tatattttagTGTCCAAGTGGCCACACCTTATGTTCAAACTGCAAGAGTAGAGTGCACAAC
cttaaagtctatctttttttttttatctgattttggttctctaaatatattttagTGTCCAAGTGGCCACACCTTATGTTCAAACTGCAAGAGTAGAGTGCACAACTGTTGCCCAACTTGCCGCCATGAGCTTGGAGATATAAGGTGTTTGGCTT
ctctaaa putative branch site (score: 3)
tctatctttttttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tggctaattgtgaaactattctattttatcatatttatttggtatcttaaagtctatctttttttttttatctgattttggttctctaaatatattttagTGTCCAAGTGGCCACACCTTATGTTCAAACTGCAAGAGTAGAGTGCACAACTGTTGCCCAACTTGCCGCCATGAGCTTGGAGATATAAGGTGTTTGGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - -gaaacta