1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...actcaaggggaatatatacatacttatatatgagagacagagagagagagatttataagctggctttctcatatatttctgttggttgatgccatttcagCTAACTGATGAGCTACAAAAAGTAGATGGAAAATTAAAAGCAACTGAAGCACTCTTGGAAAGCAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0007g05140.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gagagatttataagctggctttctcatatatttctgttggttgatgccatttcagCTAACTGATGAGCTACAAAAAGTAGATGGAAAATTAAAAGCAACTGAAGCACTCTTGGAAAGCAAG
ggttgat putative branch site (score: 5)
ccatttc CT-rich tract
tttctcatatattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| actcaaggggaatatatacatacttatatatgagagacagagagagagagatttataagctggctttctcatatatttctgttggttgatgccatttcagCTAACTGATGAGCTACAAAAAGTAGATGGAAAATTAAAAGCAACTGAAGCACTCTTGGAAAGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - -aggggaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - agacaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - agagaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgttgg