1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...gatctcgtaatcttataaagataatgaagatattgtgtctatattaagggttataagcatgtttaattatggtatgattctttatttttattttttgaagGGAATTATGGATCACAAGGAATGAAGGATTTCATGAATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTTTGAATGGTTTTGATCATGTTCCAACATACGAAGACAAAGA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv07s0141g00290.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCAGGAGCTGTCCAATGCCTTGGGCAACATGTTCAGCTCCTTCACTATTG GGAATTATGGATCACAAGGAATGAAGGATTTCATAAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|110690829|gb|EE068235.1|EE068235
genomic: TCAGGAGCTGTCCAATGCCTTGGGCAACATGTTCAGCTCCTTCACTATTGgtgagtataa ... ttttttgaagGGAATTATGGATCACAAGGAATGAAGGATTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: TCAGGAGCTGTCCAATGCCTTGGGCAACATGTTCAGCTCCTTCACTATTG GGAATTATGGATCACAAGGAATGAAGGATTTCATAAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|110690342|gb|EE067357.1|EE067357
genomic: TCAGGAGCTGTCCAATGCCTTGGGCAACATGTTCAGCTCCTTCACTATTGgtgagtataa ... ttttttgaagGGAATTATGGATCACAAGGAATGAAGGATTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: TCAGGAGCTGTCCAATGCCTTGGGCAACATGTTCAGCTCCTTCACTATTG GGAATTATGGATCACAAGGAATGAAGGATTTCATAAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|110374116|gb|EC938663.1|EC938663
genomic: TCAGGAGCTGTCCAATGCCTTGGGCAACATGTTCAGCTCCTTCACTATTGgtgagtataa ... ttttttgaagGGAATTATGGATCACAAGGAATGAAGGATTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: TCAGGAGCTGTCCAATGCCTTGGGCAACATGTTCAGCTCCTTCACTATTG GGAATTATGGATCACAAGGAATGAAGGATTTCATAAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|22011282|gb|BQ796316.1|BQ796316
genomic: TCAGGAGCTGTCCAATGCCTTGGGCAACATGTTCAGCTCCTTCACTATTGgtgagtataa ... ttttttgaagGGAATTATGGATCACAAGGAATGAAGGATTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: TCAGGAGCTGTCCAATGCCTTGGGCAACATGTTCAGCTCCTTCACTATTG GGAATTATGGATCACAAGGAATGAAGGATTTCATAAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: TCAGGAGCTGTCCAATGCCTTGGGCAACATGTTCAGCTCCTTCACTATTGgtgagtataa ... ttttttgaagGGAATTATGGATCACAAGGAATGAAGGATTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
aagggttataagcatgtttaattatggtatgattctttatttttattttttgaagGGAATTATGGATCACAAGGAATGAAGGATTTCATGAATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTTTGAATGGTTTTGATCATGTTCCAACATACGAAGACAAAGA
gtttaat putative branch site (score: 4)
ttctttatttttattt putative PPT
atgtttaattatggta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gatctcgtaatcttataaagataatgaagatattgtgtctatattaagggttataagcatgtttaattatggtatgattctttatttttattttttgaagGGAATTATGGATCACAAGGAATGAAGGATTTCATGAATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTTTGAATGGTTTTGATCATGTTCCAACATACGAAGACAAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - ataaaga
- - - - - - - - - - - aatgaaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggtatga