1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ttttttttaagaatttttttctaaaacattgccaaattggaatatgtaacatatgattccaacagtttttaaaatgcagttacgggttttgttttaacagGTGGACTATCAACACAAAGTACTATACAGCTGATGTTTCAGTATGGATGGCCCATCTTCATGAAGGGTTTTCGATAGGGAACCTGCCAATGCTTGACCAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv07s0031g02260.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGGATTTTGAAGATGGTGCTGATTCCTCTTCTGAAATTCTTGTTCATGG GTGGACTATCAACACAAAGTACTATACAGCTGATGTTTCAGTATGGATGGCEST: gi|161720435|gb|FC070208.1|FC070208
genomic: GTGGATTTTGAAGATGGTGCTGATTCCTCTTCTGAAATTCTTGTTCATGGgtatgttaat ... gttttaacagGTGGACTATCAACACAAAGTACTATACAGCTGATGTTTCAGTATGGATGGC
EST: GTGGATTTTGAAGATGGTGCTGATTCCTCTTCTGAAATTCTTGTTCATGG GTGGACTATCAACACAAAGTACTATACAGCTGATGTTTCAGTATGGATGGCEST: gi|30303017|gb|CB979811.1|CB979811
genomic: GTGGATTTTGAAGATGGTGCTGATTCCTCTTCTGAAATTCTTGTTCATGGgtatgttaat ... gttttaacagGTGGACTATCAACACAAAGTACTATACAGCTGATGTTTCAGTATGGATGGC
EST: GTGGATTTTGAAGATGGTGCTGATTCCTCTTCTGAAATTCTTGTTCATGG GTGGACTATCAACACAAAGTACTATACAGCTGATGTTTCAGTATGGATGGC
genomic: GTGGATTTTGAAGATGGTGCTGATTCCTCTTCTGAAATTCTTGTTCATGGgtatgttaat ... gttttaacagGTGGACTATCAACACAAAGTACTATACAGCTGATGTTTCAGTATGGATGGC
gtaacatatgattccaacagtttttaaaatgcagttacgggttttgttttaacagGTGGACTATCAACACAAAGTACTATACAGCTGATGTTTCAGTATGGATGGCCCATCTTCATGAAGGGTTTTCGATAGGGAACCTGCCAATGCTTGACCAG
atgtaac putative branch site (score: 3)
ttttgtttt putative PPT
aacagtttttaaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttttttttaagaatttttttctaaaacattgccaaattggaatatgtaacatatgattccaacagtttttaaaatgcagttacgggttttgttttaacagGTGGACTATCAACACAAAGTACTATACAGCTGATGTTTCAGTATGGATGGCCCATCTTCATGAAGGGTTTTCGATAGGGAACCTGCCAATGCTTGACCAG
- - - - - - - - - - ctaaaac
- - - - - - - - - - - - - - - -ccaaatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tccaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatgcag