1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtaattgaattgtattctgggtctaccaactactcttattgcctgcatctgagttatgttagaactgattgaggttggatattatgcagGTATTTGATGGCCATGGAGGACCTGAAGCTGCAGCTTATGTCAGAAAAAATGTGGACAGATTTTTCTTTGAAGATGCTAACTTTCCTCGCACATCTGAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv07s0005g02110.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCACTTGGGTTCAGTCTCTAGGCTCCCGAACCCATGTGCTTTTTATGGG GTATTTGATGGCCATGGAGGACCTGAAGCTGCAGCTTATGTCAGAAAAAATEST: gi|110700065|gb|EE077677.1|EE077677
genomic: TGCACTTGGGTTCAGTCTCTAGGCTCCCGAACCCATGTGCTTTTTATGGGgtaattgaat ... tattatgcagGTATTTGATGGCCATGGAGGACCTGAAGCTGCAGCTTATGTCAGAAAAAAT
EST: TGCACTTGGGTTCAGTCTCTAGGCTCCCGAACCCATGTGCTTTTTATGGG GTATTTGATGGCCATGGAGGACCTGAAGCTGCAGCTTATGTCAGAAAAAATEST: gi|71861291|gb|DT010346.1|DT010346
genomic: TGCACTTGGGTTCAGTCTCTAGGCTCCCGAACCCATGTGCTTTTTATGGGgtaattgaat ... tattatgcagGTATTTGATGGCCATGGAGGACCTGAAGCTGCAGCTTATGTCAGAAAAAAT
EST: TGCACTTGGGTTCAGTCTCTAGGCTCCCGAACCCATTTGCTTTTTATGGG GTATTTGATGGCCATGGAGGACCTGAAGCTGCAGCTTATGTCEST: gi|71860541|gb|DT009596.1|DT009596
genomic: TGCACTTGGGTTCAGTCTCTAGGCTCCCGAACCCATGTGCTTTTTATGGGgtaattgaat ... tattatgcagGTATTTGATGGCCATGGAGGACCTGAAGCTGCAGCTTATGTC
EST: TGCACTTGGGTTCAGTCTCTAGGCTCCCGAACCCATGTGCTTTTTATGGG GTATTTGATGGCCATGGAGGACCTGAAGCTGCAGCTTATGTCAGAAAAAAT
genomic: TGCACTTGGGTTCAGTCTCTAGGCTCCCGAACCCATGTGCTTTTTATGGGgtaattgaat ... tattatgcagGTATTTGATGGCCATGGAGGACCTGAAGCTGCAGCTTATGTCAGAAAAAAT
cttattgcctgcatctgagttatgttagaactgattgaggttggatattatgcagGTATTTGATGGCCATGGAGGACCTGAAGCTGCAGCTTATGTCAGAAAAAATGTGGACAGATTTTTCTTTGAAGATGCTAACTTTCCTCGCACATCTGAAG
aactgat putative branch site (score: 3)
atattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaattgaattgtattctgggtctaccaactactcttattgcctgcatctgagttatgttagaactgattgaggttggatattatgcagGTATTTGATGGCCATGGAGGACCTGAAGCTGCAGCTTATGTCAGAAAAAATGTGGACAGATTTTTCTTTGAAGATGCTAACTTTCCTCGCACATCTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG