Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ccctttaattttttatctcagcatgctggtttctcttgatgtttctttcttttctttatgctttctaatgtgcatctttatattttattgccatatctagGTAGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0009g02790.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161718154|gb|FC065660.1|FC065660
EST:     ATGTTTATGTAGAGGATGGGATCATTGTTGCTGTGAAGCCTAATATTAAG                         GTAGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACTGGAAAGTTTGTCATGCCA
genomic: ATGTTTATGTAGAGGATGGGATCATTGTTGCTGTGAAGCCTAATATTAAGgtaattcata ... ccatatctagGTAGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCA
EST: gi|71858064|gb|DT007119.1|DT007119
EST:     ATGTTTATGTAGAGGATGGGATCATTGTTGCTGTGAAGCCTAATATTAAG                         GTAGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACTGGAAAGTTTGTCATGCCA
genomic: ATGTTTATGTAGAGGATGGGATCATTGTTGCTGTGAAGCCTAATATTAAGgtaattcata ... ccatatctagGTAGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCA
EST: gi|71861990|gb|DT011045.1|DT011045
EST:     ATGTTTATGTAGAGGATGGGATCATTGTTGCTGTGAAGCCTAATATTAAG                         GTAGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCA
genomic: ATGTTTATGTAGAGGATGGGATCATTGTTGCTGTGAAGCCTAATATTAAGgtaattcata ... ccatatctagGTAGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCA
EST: gi|110701190|gb|EE078505.1|EE078505
EST:     ATGTTTATGTAGAGGATGGGATCATTGTTGCTGTGAAGCCTAATATTAAG                         GTAGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCA
genomic: ATGTTTATGTAGAGGATGGGATCATTGTTGCTGTGAAGCCTAATATTAAGgtaattcata ... ccatatctagGTAGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCA
EST: gi|110708705|gb|EE086554.1|EE086554
EST:     ATGTTTATGTAGAGGATGGGATCATTGTTGCTGTGAAGCCTAATATTAAG                         GTAGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCA
genomic: ATGTTTATGTAGAGGATGGGATCATTGTTGCTGTGAAGCCTAATATTAAGgtaattcata ... ccatatctagGTAGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCA
EST: gi|71856404|gb|DT005459.1|DT005459
EST:     ATGTTTATGTAGAGGATGGGATCATTGTTGCTGTGAAGCCTAATATTAAG                         GTAGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCA
genomic: ATGTTTATGTAGAGGATGGGATCATTGTTGCTGTGAAGCCTAATATTAAGgtaattcata ... ccatatctagGTAGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCA
EST: gi|110699792|gb|EE077099.1|EE077099
EST:     ATGTTTATGTAGAGGATGGGATCATTGTTGCTGTGAAGCCTAATATTAAG                         GTAGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCA
genomic: ATGTTTATGTAGAGGATGGGATCATTGTTGCTGTGAAGCCTAATATTAAGgtaattcata ... ccatatctagGTAGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCA
EST: gi|71854811|gb|DT003866.1|DT003866
EST:     ATGTTTATGTAGAGGATGGGATCATTGTTGCTGTGAAGCCTAATATTAAG                         GTAGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCA
genomic: ATGTTTATGTAGAGGATGGGATCATTGTTGCTGTGAAGCCTAATATTAAGgtaattcata ... ccatatctagGTAGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCA
EST: gi|161711961|gb|FC060840.1|FC060840
EST:     ATGTTTATGTAGAGGATGGGATCATTGTTGCTGTGAAGCCTAATATTAAG                         GTAGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCA
genomic: ATGTTTATGTAGAGGATGGGATCATTGTTGCTGTGAAGCCTAATATTAAGgtaattcata ... ccatatctagGTAGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttcttttctttatgctttctaatgtgcatctttatattttattgccatatctagGTAGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCAG
                 ttctaat  putative branch site (score: 2)
                            atctttatattttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ccctttaattttttatctcagcatgctggtttctcttgatgtttctttcttttctttatgctttctaatgtgcatctttatattttattgccatatctagGTAGGTGATGATGTTACTGTGCTTGATGCCACCGGAAAGTTTGTCATGCCAG

cccttta
- - - - - - - - - - gcatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - cttgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcatct